W latach 80. Krukowski był zaangażowany w ruch kultury niezależnej. Prowadząc Akademię Ruchu, animował całe środowisko artystyczne. Stworzył kilka ośrodków kultury niezależnej. Początkowo działał w Dziekance (1975–79), potem w solidarnościowym Ośrodku Kultury CORA przy zakładach odzieżowych na Pradze-Południe. Następnie w kościele na Żytniej (1983–85), w minicentrum sztuki współczesnej w Kino-Teatrze "Tęcza" na Żoliborzu (od 1989). W każdym z tych miejsc działała galeria, teatr, kino, czasem księgarnia. "Łączyliśmy to, co społeczne, robotnicze, artystyczne, polityczne" – wyjaśnił Krukowski w rozmowie z Agnieszką Kowalską na gazeta.pl.
W 1987 roku stworzył magazyn artystyczny "Obieg", którego początkowo był współredaktorem. Po objęciu stanowiska dyrektora CSW redakcja "Obiegu" przeniosła się do Zamku Ujazdowskiego.
W latach 1996–97 był prezesem Europejskiej Sieci Centrów Kultury w Obiektach Zabytkowych (Réseau Européen des Centres Culturels - Monuments Historiques). Był również wieloletnim członkiem polskiej sekcji AICA - Międzynarodowego Stowarzyszenia Krytyków Sztuki.
W latach 1990–2010 Krukowski pełnił funkcję dyrektora Zamku Ujazdowskiego w Warszawie, gdzie stworzył nowoczesny model interdyscyplinarnego Centrum Sztuki Współczesnej. Był także kuratorem wielu wystaw, m.in. kilku odsłon "Kolekcji" prezentującej międzynarodową sztukę współczesną ze zbiorów CSW.
"Wzorce czerpałem też z Wielkiej Brytanii, gdzie z Akademią Ruchu pracowaliśmy w ważnych ośrodkach nowej sztuki, tj. ICA, Arnolfini, Chapter. I one miały taką czytelną, mądrą konstrukcję: galerie, przestrzenie akcji, kino, wideotekę, księgarnię, knajpę. Żyły swoim ciekawym życiem. Bez względu na to, czy ludzie, którzy tam przychodzili, za każdym razem zaglądali na wystawę, czy byli tylko konsumentami atmosfery tych miejsc. Ten model teraz wydaje się oczywisty, bo stosuje go większość dużych muzeów na świecie. Wtedy, w latach 90. w Warszawie robiliśmy to jako pierwsi" - powiedział dalej.
Niezwykle ważne dla polskiej sztuki lata 90. nazywa się złotym czasem Zamku Ujazdowskiego, któremu w tamtym okresie przypisano rolę najważniejszego ośrodka sztuki w Europie Środkowo-Wschodniej. W CSW pierwsze wystawy indywidualne mieli najważniejsi przedstawiciele sztuki krytycznej, komentującej otaczającą wówczas rzeczywistość – Katarzyna Kozyra, Zbigniew Libera, Artur Żmijewski, Paweł Althamer, potem Wilhelm Sasnal, Robert Kuśmirowski oraz Monika Sosnowska.
"Robiliśmy podsumowania tu i teraz (…) Zajęliśmy się pokazywaniem źródeł sztuki współczesnej w Polsce, zbudowaliśmy sporą kolekcję. Uratowaliśmy Laboratorium i stworzyliśmy tam przestrzeń akcji i pobytów stypendialnych."
W 2003 roku wydano książkę "Akademia Ruchu" pod redakcją Tomasza Platy (wydawca: Stowarzyszenie Przyjaciół Akademii Ruchu, Warszawa), z udziałem Janusza Bałdygi, Wojciecha Krukowskiego, Tadeusza Nyczka, Piotra Rypsona. Publikacja oprócz części faktograficznej i zdjęciowej, zawiera rozmowy z Krukowskim, eseje i recenzje Tadeusza Nyczka, Konstantego Puzyny, Marcina Giżyckiego, Pawła Goźlińskiego i Tomasza Platy.
Trzy lata później ukazała się książka "Akademia Ruchu. Miasto. Pole akcji" (red. Małgorzata Borkowska, Wydawnictwo Czarne, 2006) dokumentująca dokonania Akademii Ruchu, jej działalność w środowisku społecznym: spektakle, prezentacje w galeriach, akcje uliczne, animacje kulturowe, warsztaty i publikacje.
W 2010 Krukowski zdecydował odejść z CSW na emeryturę i poświęcić się działalności Akademii Ruchu, której reżyserem i dyrektorem artystycznym był nieprzerwanie od 40. lat. Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego uhonorował Wojciecha Krukowskiego Srebrnym Medalem Gloria Artis – Zasłużony Kulturze.
"Moja kadencja bardzo się wydłużyła, nie planowałem tak długiego zajmowania tej funkcji. Jednak poczucie, że nie zrobiłem wszystkiego, co planowałem, powodowało, że postanawiałem zostać rok, potem kolejny i następny" – mówił. "Gdybym uznał, że zrobiłem to, co należało tu zrobić, to pewnie bym odszedł wcześniej. Dałem się też złapać w tę pułapkę niedofinansowania budowy. Ciągle było coś do skończenia. Wiedziałem, że nie mogę odejść w poczuciu przegranej. Oczywiście można było złożyć hałaśliwą dymisję, ale to byłaby rejterada."
Jednym z ostatnich wydarzeń, nad którym pracował Wojciech Krukowski, i jednocześnie jednym z największych sukcesów był udział Akademii Ruchu w prestiżowym biennale Performa w Nowym Jorku w 2013 roku.
Autorka: Agnieszka Sural, 18.01.2014