Michał Nesterowicz działalność koncertową rozpoczął już podczas studiów, występując z założoną przez siebie orkiestrą kameralną "Giovanni Virtuosi" (1993-96). Od tego czasu koncertuje regularnie w Europie, Ameryce Południowej i Stanach Zjednoczonych. W Polce współpracuje z takimi orkiestrami, jak Sinfonia Varsovia, Orkiestra Symfoniczna Filharmonii Narodowej, Narodowa Orkiestra Symfoniczna Polskiego Radia, Polska Orkiestra Radiowa, Sinfonietta Cracovia i Polska Filharmonia Kameralna.
Ponadto stał za pulpitem dyrygenckim m.in. BBC Philharmonic Manchester, The Royal Liverpool Philharmonic, Wiener Kammerorchester, Royal Flemish Philharmonic, Orchestra Sinfonica di Milano Giuseppe Verdi, Orquesta Nacional de España, Orquesta Sinfónica de Bilbao, Orquestra de Cadaqués, Orquesta Sinfônica do Estado de São Paulo, Jerusalem Camerata Orchestra, Orquesta Sinfónica de Puerto Rico, Spokane Symphony Orchestra, Meridian Symphony Orchestra, New Mexico Symphony Orchestra, BBC Symphony Orchestra, WDR Sinfonieorchester Köln, Deutsches Symfonie-Orchester Berlin, Gulbenkian Orchestra, Orchestre Philharmonique du Luxembourg, Buffalo Philharmonic, Copenhagen Phil, Orchestre National Bordeaux Aquitaine i Orchestra della Svizzera Italiana. Artysta współpracuje także między innymi z Residentie Orkest w Hadze, Orchestre National de Lille, Real Filharmonia de Galicia, Orquesta Sinfónica de Navarra, NDR Elbphilharmonie Orchester, Orquestra Simfònica de Barcelona, Royal Philharmonic Orchestra, Orchestre Philharmonique de Nice i Orquesta Ciudad de Granada. Wielokrotnie występował z Tonhalle-Orchester Zürich i Münchner Philharmoniker. Koncertował i nagrywał z takimi artystami, jak Ewa Podleś, Angela Marambio, Gwendolyn Bradley, Shlomo Mintz, Rachel Barton Pine, Ivan Monighetti.
W 1999 w Operze Wrocławskiej prowadził spektakle "La serva padrona" Giovanniego Battisty Pergolesiego i "Dyrektor teatru" Wolfganga Amadeusa Mozarta. W 2005 brał udział w europejskiej premierze poematu symfonicznego "Lulie The Iceberg" Jeffrey'a Stocka. Współpracował również przy koncercie Jeana Michaela Jarre'a w Stoczni Gdańskiej oraz w prawykonaniu "Kantaty o Wolności" Jana A.P. Kaczmarka w 25. rocznicę powstania "Solidarności". W 2006, kontynuując współpracę z Kaczmarkiem, uczestniczył w uroczystym koncercie muzyki filmowej "Journey to Light" w Los Angeles. Od 2000 współpracuje ze Zbigniewem Preisnerem, od 2003 także z Grzegorzem Turnauem.
Nagrywa dla Polskiego Radia i Telewizji Polskiej oraz wielu wytwórni fonograficznych, m.in. Naxos i Channel Classics. W swym dorobku posiada kilkanaście płyt.