Punktem wyjścia jest historia prawdziwa. Pewnej okupacyjnej jesieni żydowska dziewczynka świętowała wraz z matką w kawiarni siódme urodziny. Po zjedzeniu ciastka wyszła z lokalu, matka już nie zdążyła: najpierw zatrzymał ją szmalcownik-szantażysta, chwilę później do kawiarni weszli niemieccy żandarmi. Dziewczynka przeczekała łapankę w pobliskim kościele. Tam rano znalazła ją kelnerka z kawiarni i zabrała do swego domu.
Na tym kończy się historyczna inspiracja. Feliksa Falka, twórcę "Joanny" (a wcześniej kilkunastu innych filmów z "Wodzirejem", sztandarowym dziełem kina moralnego niepokoju, i "Komornikiem", niedawnym polskim kandydatem do Oscara), interesuje nie tyle los żydowskiej dziewczynki w okupowanym Krakowie, ile relacja, jaka zawiązała się między nią i jej opiekunką. W tym sensie reżyser zastrzega się [z materiałów dystrybutora]:
Nie jest to jeszcze jeden film o Holocauście. To jest przede wszystkim historia o niesprawiedliwości losu, który może spotkać każdego z nas.
Istotnie, większość filmów o ukrywaniu Żydów podczas II wojny światowej skupia się na tułaczce i codziennym lęku ukrywających się, na przekazywaniu ich z rąk do rąk w poszukiwaniu bezpiecznego schronienia. W filmie Falka jest inaczej: mała Róża trafia do domu Joanny przypadkiem, ale nic nie wskazuje na to, by miało to być jej schronienie tymczasowe.
Co leży u podstaw decyzji Joanny? Być może robi to z litości, a może w pierwotnym odruchu człowieczeństwa lub z rodzącej się potrzeby macierzyństwa. Jest przecież młoda, wyszła za mąż tuż przed wybuchem wojny, mąż poszedł na front i słuch o nim zaginął. Została sama w wielkim mieszkaniu, do którego nikogo nie dokwaterowała, co budzi podejrzenia - zwłaszcza pożądliwie popatrującej na atrakcyjny lokal dozorczyni. Więcej, jest nie tylko sama, ale pozostawiona sama sobie - rodzice zajęci są własnymi sprawami, więcej uwagi poświęcają jej siostrze, przeżywającej małżeńskie kłopoty. Róża może się więc okazać promykiem w smutnym i pustym życiu Joanny. Jednak pojawienie się dziewczynki wywołuje coraz poważniejsze implikacje, łącznie z najściem niemieckiego patrolu. Wprawdzie przeszukujący mieszkanie nie znajdują ukrywającego się dziecka, ale dowodzący nimi oficer nie kryje swej fascynacji atrakcyjną kobietą. Pożycza książkę, co jest oczywistą zapowiedzią kolejnej wizyty. Wtedy już nie uda się schować Róży: w zamian za jej życie Joanna ofiarowuje siebie. Ale nie jest to jedyna cena ocalenia. Za kontakty z Niemcem kobieta, uznana za kolaborantkę, płaci napiętnowaniem przez ruch oporu, odwróceniem się rodziny i utratą nadziei - oficer zweryfikował losy jej męża, który, jak się okazuje, zmarł wkrótce po osadzeniu w niemieckim oflagu. Róża musi odejść - dla własnego bezpieczeństwa.