Część najcenniejszych polskich archiwaliów, w tym metrykę koronną, zabezpieczono jeszcze przed zrywem w Forcie Sokolnickiego na Żoliborzu. Podczas powstania schronienie znalazła tam jednak ludność cywilna. Urządzono także kuchnię i lazaret. Dyrektor wspomina:
Na początku wiązało się to z przemieszczaniem dokumentów z różnych sal, w końcu skrzynie z archiwaliami zaczęły służyć jako prowizoryczne ściany i łóżka. W tych warunkach argumenty, że to skarby kultury nie były szczególnie brane pod uwagę.
Jak przyznaje, paradoksem jest fakt, że działania ochronne wobec polskich archiwaliów podejmowali Niemcy.
Erich Randt był szefem dyrekcji archiwów Generalnej Guberni. To w związku z jego działaniami Niemcy po upadku powstania pod obstrzałem sowieckim wywozili z Warszawy na Jasną Górę metrykę koronną. Wielu z jego funkcjonariuszy było zresztą zawodowymi archiwistami i doceniali profesjonalizm naszych.
Z drugiej strony, podkreśla Stępniak, trzeba pamiętać, iż Niemcy nie mieli skrupułów, by 2 września po wkroczeniu do opuszczonego przez powstańców Starego Miasta spalić Archiwum Główne Akt Dawnych.
A było to trudne przedsięwzięcie, gdyż dokumenty się 'opalają', więc trzeba włożyć wiele trudu by je całkowicie spalić. To było świadome dzieło zniszczenia. Podobnie stało się z Archiwum Akt Nowych i to już po upadku powstania, w listopadzie. Część cenniejszych dokumentów z niego zabezpieczono, spłonęła tam jednak w znaczącej mierze historia II RP.
Wspomina także o postawie samych archiwistów:
Tu mamy trochę nie do końca zapisaną kartę. Jest zaskakujące, że w momentach krytycznych przy zbiorach nie było najważniejszych osób - dyrektorów i kluczowych kustoszy. Np. Józef Siemieński był dyrektorem Archiwum Głównego Akt Dawnych do 31 sierpnia 1939 roku, jednak nie zdążył wyjechać do Krakowa, gdzie miał objąć katedrę na UJ. Kiedy wybuchła wojna nowy dyrektor się nie pojawił, dlatego w okresie największych bombardowań to Siemieński z kilkoma pracownikami archiwum ratował zbiory. W tym czasie spłonęły pozbawione opieki zbiory Archiwum Skarbowego i Archiwum Oświecenia.
Jak zaznacza dyrektor, nasze straty w dziedzinie archiwaliów są nieporównywalne z sytuacją innych państw:
Zachowała się metryka koronna, archiwa dyplomatyczne, archiwum koronne warszawskie i krakowskie. Natomiast spalone zostały głównie księgi sądów ziemskich i grodzkich z wpisami dotyczącymi transakcji zawieranych przez obywateli i decyzji władz. Straciliśmy unikatowe archiwalia z okresu od XV do XX w. Dokumentację Księstwa Warszawskiego, Królestwa Polskiego, czasu porozbiorowego, instytucji lokalnych, kościelnych, oświatowych, np. Komisji Edukacji Narodowej. Z dymem poszły akta Trybunału Koronnego i szereg związanych z sądami centralnymi. Te 40 km dokumentów, które uległy zniszczeniu, są wyrwą w naszej pamięci niemożliwą do zastąpienia.