Studiował filozofię na Uniwersytecie Warszawskim w latach 1960-1965, a więc w czasie największej intelektualnej prosperity instytutu. Jego nauczycielem i promotorem był Bronisław Baczko, semiotyki uczył się na legendarnych wykładach Kazimierza Ajdukiewicza, lekcje logiki odbierał zaś od Tadeusza Kotarbińskiego. Normalnie, "żyć nie umierać". Z takimi nauczycielami chciałoby się obcować i współmyśleć stale, najlepiej w nieskończoność.
Bardzo przeżył relegowanie swoich wykładowców – Kołakowskiego i Pomiana – z partii komunistycznej i to w momencie, w którym on sam się do niej zapisał. "Nie jest prawdą – wspominał – że przynależność partyjna stanowiła warunek bezwzględny kariery uniwersyteckiej. Znam ludzi niemających nigdy nic wspólnego z partią, którzy porobili świetne kariery. Ale narazić się i zostać wyrzuconym, to było piętno".
Uważał marksizm – a było to wtedy jego ważne odkrycie – za najpoważniejszą współcześnie koncepcję teoretyczną; wstąpienie w szeregi partii stanowiło dlań wyciągnięcie praktycznych wniosków z tego odkrycia. Nieprzynależenie do PZPR, albo – co gorsza – usunięcie z jej szeregów oznaczało dla młodego Siemka dramat. W pierwszym przypadku prowadziło bowiem do sprzeczności opartej na przekonaniu, że nie ma przecież autentycznego marksizmu poza wspólnotą towarzyszy, w drugim zaś – podważało moralne podstawy istnienia jednostki, skazując ją na absurdalną samotność.
Dwudziestoparoletni Siemek miał przyjaciela, z którym się skłócił ("poróżniliśmy się o dziewczynę, której już nie pamiętam"). Potem urodziła mu się córka, o której również zapomniał. Natomiast największa trauma jego młodości wiązała się z ryzykiem usunięcia go z Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej, do czego omal nie doszło. "Trochę głupio o tym mówić" – odtwarzał po latach tamte wydarzenia. "Chciano mnie wyrzucić nie za zaangażowanie polityczne, chociaż wszyscy, i ja też, braliśmy udział w strajkach okupacyjnych studentów. Na zebraniach, razem z innymi, przeciwstawiałem się wykluczaniu z partii kolejnych kolegów, kolejnych grup studentów. Bezpośrednia przyczyna była zatem groteskowa – nie poszedłem na pochód pierwszomajowy. I to nie było manifestacją polityczną; pojechaliśmy z przyjaciółmi za miasto w piękny wiosenny dzień owego [1968 – przyp. red.] roku, w pewnym sensie uciekając od atmosfery dusznej w sensie dosłownym i przenośnym". Na szczęście dla (późniejszego) profesora skończyło się na naganie z ostrzeżeniem. Kamień z serca.