Dziś kolekcja Czartoryskich licząca 336 tysięcy muzealiów jest jedną z najważniejszych w Polsce. Znajduje się w niej 86 tysięcy obiektów, takich jak: obrazy (ponad 300), w tym dwa z najcenniejszych w Polsce – "Dama z gronostajem" Leonarda da Vinci i "Krajobraz z miłosiernym Samarytaninem" Rembrandta van Rijna - a także rzeźby, rysunki, grafiki, przedmioty codziennego użytku, sarkofagi, mumie, relikwie, broń, numizmaty i pamiątki po sławnych bohaterach minionych epok. Zawiera także 250 tysięcy rękopisów, starodruków, książek i cennych dokumentów.
Fundatorką kolekcji i założycielką prywatnego muzeum Czartoryskich była fascynująca kobieta, księżna Izabela z Flemmingów Czartoryska (1746-1834). Jedynaczka Jana Jerzego Flemminga, podskarbiego wielkiego koronnego, właściciela olbrzymiego majątku i Antoniny Czartoryskiej kanclerzanki wielkiej litewskiej, osierocona przez matkę we wczesnym dzieciństwie wychowywana była przez babkę. Wyrosła na kobietę niezbyt może piękną lecz pełną wdzięku. Źródła podają, że była średniego wzrostu, miała świetną figurę, piękne oczy, ale jej śniadą cerę szpeciły ślady po ospie. Inteligentna, dowcipna, znająca świetnie język francuski, literaturę i historię, kreatorka polskich ogrodów krajobrazowych, podróżniczka, była też mecenaską, filantropką i pisarką. Spod jej pióra wyszły: "Książka do pacierzy dla dzieci wiejskich podczas mszy świętej", "Myśli różne o sposobie zakładania ogrodów" , "Pielgrzym z Dobromilu", "Katalog pamiątek złożonych w Domu Gotyckim w Puławach" i skrócony "Poczet pamiątek zachowanych w Domu Gotyckim w Puławach".
W młodości miała jednak opinię królowej europejskich salonów i romansowej kokietki. Mimo małżeństwa zawartego w wieku lat 15 z 27 letnim Adamem Kazimierzem Czartoryskim (1734 - 1823), znawcą literatury i historii, bibliofilem, pisarzem, erudytą i poliglotą, coś więcej niż przyjaźń łączyła ją nie tylko z kuzynem królem Stanisławem Augustem Poniatowskim, ale i z ambasadorem rosyjskim Repninem oraz księciem de Lauzun.
Czartoryska gościła członków rodziny i przyjaciół w podwarszawskich Powązkach. Sentymentalna wioska, w której kryte słomą chaty urządzone były wewnątrz z wielkim przepychem, stworzona została na wzór francuskiego Trianonu. Czas sielanki przerwała tragedia. W 1880 roku Teresa, najstarsza, 15-letnia córka Izabeli, podczas zabawy zapaliła się od kominka. Dziewczynka zmarła trzeciego dnia w strasznych męczarniach. Kolejnym ciosem było nieudane małżeństwo młodszej córki Marii z Ludwikiem Wirtemberskim zakończone rozwodem i odebraniem jej syna.
W tych niezbyt szczęśliwych latach 80. i 90. XVIII stulecia Izabela zaczęła się angażować politycznie w pogarszającą się sytuację w kraju, m.in. demonstrując patriotyzm i entuzjazm z powodu uchwalenia Konstytucji 3 Maja. Targowica i wojna z Rosją ostatecznie wpłynęły na przeobrażenie księżnej w "Matkę Spartankę", wysyłającą synów na wojnę. Po II rozbiorze poparła powstanie narodu pod wodzą Kościuszki za co wojska Suworowa na rozkaz carycy zdewastowały Puławy, jeden z majątków Czartoryskich. W 1796 roku księżna rozpoczęła odbudowę Puław i postanowiła stworzyć tam pierwsze na ziemiach polskich muzeum "narodowe", panteon pamiątek po Polakach.
Dlaczego wybrała Puławy, mając pałace w Warszawie czy Sieniawie? W liście do francuskiego poety J. Delille’a, który wykorzystał ten opis rezydencji w swoim dziele "Les jardins", Czartoryska daje dowód swej wrażliwości na uroki natury:
"Puławy leżą w województwie lubelskim na wzgórzu ciągnącym się ponad Wisłą. Zamek stoi na szczycie. Część parku na równej z zamkiem wysokości, druga spada ku rzece. Od wschodu i północy rozciąga się las dębów, lip, jodeł. Przecięty alejami las jest bardzo rozległy i rozchodzą się w nim szerokie drogi. Od południa widać góry , a na nich kilka wznosi się malowniczych ruin starych zamków. Najwyższym jest Kazimierz, zbudowany przez jednego z najlepszych naszych królów Kazimierza W. w roku 1326. Od południa ku zachodowi roztacza się Wisła w wielkiej szerokości. Poniżej ogrodu tworzy wyspę dość znaczną, niżej zlewają się razem jej dwie odnogi. Brzeg przeciwległy zdobią olbrzymie drzewa i wioski rozrzucone na wzgórzach. (…). Takie jest położenie Puław – teraz opis szczegółowy. Główną pięknością Puław stanowią drzewa: liczbą, rozmaitością, bogactwem, wielkością. Drugą ozdobą jest wielka, wspaniała rzeka , zawsze okryta statkami, łodziami i małymi łódkami. Park jest urządzony świeżo na sposób angielski. Podstawą jego stare drzewa, sadzone przez naszych przodków. Klomby są urozmaicone wszystkim, co tylko może róść w naszym klimacie. (…)dalsza partia ogrodu jest przerywana urwiskami skał, wąwozami, łąkami i zarostami drzew – następnie lasek na pochyłości do wybrzeża Wisły, most kamienny w stylu gotyckim prowadzi ponad rzekę."
Czartoryska zainteresowała się kolekcjonerstwem jeszcze w latach 80. XVIII wieku. Pierwsze zabytki zdobyła podczas wielkiej podróży do Szwajcarii, Anglii i Szkocji w latach 1789-91. Ale dopiero wiele lat starań, fortuna jednego z najpotężniejszych rodów w Polsce, rosnąca wiedza, zachłanność, pasja kolekcjonerska, instynkt, poczucie smaku, koneksje w kraju i za granicą, współpraca z różnymi ludźmi, często odwaga i autorytet pozwoliły Izabeli stworzyć zbiór bez precedensu. Co prawda, istniały w Polsce inne kolekcje, jak Arkadia Radziwiłłów czy kolekcja obrazów Stanisława Augusta Poniatowskiego, lecz były one niedostępne społeczeństwu.
Czartoryska nie była też pierwszą w kraju, która wpadła na pomysł stworzenia muzeum. Z inspiracji króla w 1775 roku Michał Mniszech, członek komisji edukacji narodowej złożył projekt utworzenia Musaeum Polonicum, podobnego do Muzeum Brytyjskiego. Do realizacji nie doszło z powodu rozbiorów. Natomiast Izabela była pierwszą, która wpadła na oryginalny pomysł stworzenia muzeum polskich pamiątek historycznych. Zgodnie z duchem epoki oświecenia i romantyzmu moc tego rodzaju pamiątek płynęła z ich potencjału interpretacyjnego i edukacyjnego, mniej z wartości zabytkowej. Wiedza i wyobraźnia wiązały je z ludźmi, epokami, miejscami i ideami. Czartoryska tak pisała o swoim muzeum w Puławach:
"W latach tych, w których tyle klęsk nas przycisnęło, kiedy nas z rzędu narodów wymazano, mówiłam sobie ze łzami: Ojczyzno! Nie mogłam Cię obronić, niech Cię przynajmniej uwiecznię. Ta chęć, to uczucie przywiązywały mnie do życia: wystawiłam naówczas ŚWIĄTYNIĘ PAMIĘCI. Zebrałam tam pamiątki tej Polski, niegdyś tak świetnej, a wtenczas tak nieszczęśliwej. Tam żyłam, że tak rzekę, w przeszłości, a czasem w moich dumaniach tchnęłam nadzieją szczęśliwej przyszłości. Ale i tego nie dość dla mnie było. Dom GOTYCKI, który zawiera pamiątki zagraniczne, zdawał mi się czczy i mało znaczący, póki nie umieściłam w nim jakiegoś wspomnienia mojej ojczyzny. Ułomki, kamienie, marmury, napisy, które zdobią jedną stronę galerii, wieżyczkę i kule armatnie pod kolumnami Augusta II są to wspomnienia drogie dla Polski…."
Świątynia Pamięci, "miejsce pamięci narodowej", przechowująca przedmioty związane z przeszłością Polski, zwana też Świątynią Sybilli została otwarta w 1801 roku, sześć lat po rozbiorach i był to jeden z pierwszych na świecie budynków wzniesionych specjalnie na cele muzealne. Dwukondygnacyjny obiekt zaprojektowany przez Chrystiana Piotra Aignera, przypomina (przetrwał do dziś) budowlę sakralną. Jego koncepcja nawiązywała do Świątyni Westy w Tivoli, w pobliżu której znajdowała się siedziba antycznej wieszczki Sybilli, przepowiadaczki przyszłości. W Polsce porozbiorowej wiara w proroctwa wiązała się z nadzieją na odzyskanie niepodległości, stąd zapewne pomysł ustanowienia Sybilli strażniczką dowodów świetności ojczyzny.
W pomieszczeniu w górnej kondygnacji, Czartoryska umieściła chorągwie, tarcze, zbroje, insygnia, relikwie, dokumenty, pamiątki po królach, hetmanach i bohaterach narodowych, jak Kościuszko, Zamoyski, Żółkiewski, Chodkiewicz i Czarnecki. Był to panteon historii Polski. Ze szczątków, jakie pozostały po zrabowanym przez Prusaków w 1795 roku skarbcu królewskim i z przedmiotów wyjętych z grobów wawelskich stworzyła szkatułę królewską, umieszczoną pośrodku sali.
Dolna kondygnacja, przypominająca mroczną kryptę, mieściła tarcze ku czci sławnych Polaków i obelisk upamiętniający księcia Józefa Poniatowskiego, służyła też zebraniom loży masońskiej, do której należała księżna Czartoryska.
Kolekcja Izabeli wzbogacała się dzięki szczodrości całego polskiego społeczeństwa, ale też zagranicznych przyjaciół Czartoryskich. Na pomieszczenie głównie zagranicznych pamiątek i dzieł sztuki ten sam architekt - Christian Piotr Aigner wzniósł (na miejscu dawnego barokowego pawilonu parkowego w parku puławskim) prostokątny, piętrowy budynek otoczony z dwóch stron arkadami, w którego mury wpasowano ułomki budowli polskich i zagranicznych, tworząc rodzaj lapidarium składające się z 300 zabytków.
Romantyczna, eklektyczna budowla z witrażami w oknach, nazwana Domem Gotyckim, mieściła m.in. trzy najcenniejsze obrazy z kolekcji Czartoryskich: Leonarda, Rafaela (zaginionego podczas III wojny światowej) i Rembrandta. Prezentowane były w tzw. "Pokoju Zielonym" pośród 50 obrazów – portretów rodziny Czartoryskich, podobizn zagranicznych królów, bohaterów, artystów, kochanków. Wystawa w Domu Gotyckim była barwna, przeładowana (gromadziła 4000 przedmiotów), ale miała romantyczny urok.
W ciągu 30 lat muzeum w Puławach odegrało ogromną rolę narodową i kulturalną. Prof. Zdzisław Żygulski zaznacza:
"To nie była jej prywatna mania, ale dzieło zbiorowe. Przyczyniła się do tego polska arystokracja i inteligencja. Tadeusz Czacki przekazał Izabeli to, co zostało ze zrabowanego przez Prusaków skarbca koronnego na Wawelu, m.in. bezcenne archiwum koronne, trofea składane przez królów na Wawelu, w tym chorągiew turecką spod Wiednia, czy sławne miecze grunwaldzkie Jagiełły, które w czasie powstania listopadowego przepadły. To był jego depozyt do tego skarbca narodowego. Taka była przecież intencja Izabeli, która na frontonie zbudowanego przez siebie pierwszego na ziemiach polskich budynku muzealnego kazała wypisać słowa: „Przeszłość - Przyszłości”. Miała na myśli ofiarowanie tych zbiorów narodowi."
Izabela nie dożyła wolnej Polski. Gdy wybuchło powstanie listopadowe miała 85 lat. Pamiętając zniszczenie jej ukochanych Puław przez wojska carskie rozpoczęła ewakuację zbiorów. Nocami wywożono je do majątku Czartoryskich w Sieniawie, w zaborze austriackim. W ciągu trzech lat odbyło się 30 takich transportów. Biblioteka Czartoryskich tam też nie była bezpieczna, więc jej część przechowano w Krasiczynie. Księżna wyjeżdżając do Sieniawy osobiście zabrała do powozu Szkatułę Królewską ze Świątyni Sybilli. W alkowie pałacu sieniawskiego zamurowano na 8 lat Leonarda, Rafaela i Rembrandta. Wielu Polaków było zaangażowanych w ratowanie puławskiej kolekcji. Jej fragmenty przechowywano w kościołach we Włostowicach i Kurowie, pałacach Zamoyskich w Podzamczu i Klemensowie, w różnych tajnych miejscach, piwnicach, strychach a nawet w chłopskich chatach. Sama Izabela znalazła schronienie w Wysocku, gdzie 4 lata później zmarła.