W 1929 i 1931 koncertuje na terenie Brytyjskiego Mandatu Palestyny. Jest zachwycony żywiołowymi reakcjami publiczności, słuchaczami ze wszystkich sfer społecznych. Podirytowany tym, że nie każdy może wejść na jego koncert, wyznacza dodatkowe tańsze terminy przeznaczone dla publiczności robotniczej. Wizyta w Palestynie zmienia też jego światopogląd. Przestaje krytykować idee syjonistyczne.
Na znak protestu przeciwko narastającemu antysemityzmowi w 1932 wyjeżdża do Szwajcarii i nigdy więcej nie wystąpi w Niemczech. Na łamach "Manchester Guardian" publikuje list "Do intelektualistów niemieckich". Zamierza założyć żydowską orkiestrę na terenie Palestyny.
W tym celu podróżuje po Austrii, Węgrzech, Czechosłowacji i Polsce w poszukiwaniu żydowskich muzyków. W efekcie ustaw norymberskich setki artystów rozpoczynają tułaczkę w poszukiwaniu nowej pracy. Do Orkiestry może zgłosić się każdy żydowski muzyk. W samej Filharmonii Narodowej w Warszawie 40% artystów ma pochodzenie żydowskie.
Przesłuchania są dla niego niesamowicie wyczerpujące emocjonalnie. Może wybrać tylko najlepszych muzyków, a jednocześnie przeczuwa, co może spotkać tych, którzy nie zakwalifikują się do jego zespołu. Wprowadza więc tryb blind audition. Nie chce sugerować się żadnymi względami pozamuzycznymi. Dla przesłuchiwanych muzyków jest to stres podwójny: występowanie przed jedną z największych gwiazd, ale i walka o życie.
Organizacja Palestine Symphony Orchestra jest ogromnym wyzwaniem. Huberman musi starać się o udzielenie wiz swoim muzykom, zebrać pieniądze na przewóz artystów i ich utrzymanie na miejscu. Organizuje więc koncerty w USA. Na jednym z nich, w Carnegie Hall, ktoś kradnie z garderoby jego Stradivariusa.
26 grudnia 1936 odbywa się koncert, na którym nowopowstałą Orkiestrę prowadzi Arturo Toscanini. Jeden z pierwszych wielkich artystów, którzy wyrażają sprzeciw wobec politki nazistowskiej. Dyrygent odwołuje swoje koncerty w III Rzeszy. Dotyka to nawet osobiście Hitlera, który uwielbia jego interpretacje oper Wagnera z festiwalu w Bayreuth. Koncert jest nadawany z Kairu do Londynu, a stamtąd na resztę świata.
W czasie II wojny światowej angażuje się w działania na rzecz polskich uciekinierów. Ratuje życie około 1000 żydowskim muzykom i ich rodzinom. W maju 1944 w Nowym Jorku bierze udział w koncercie muzyki polskiej, podczas którego wykonuje 1. Koncert skrzypcowy Karola Szymanowskiego pod dyrekcją Grzegorza Fitelberga. W 1946 odbywa tournée po Europie, Egipcie i Palestynie. Ostatni okres życia spędza w swojej willi w Corsier-sur-Vevey.
