Zostaje lekarzem okręgowym w Pietropawłowsku. Od 1879 niesie pomoc lekarską i humanitarną na Kamczatce, dokąd carscy urzędnicy sprowadzili z rdzennych wysp naród Aleutów. Celowo ich rozpijając, wykupują od nich za bezcen futra i skóry upolowanych zwierząt.
Dybowski zwalcza epidemie, otwiera szpitale dla trędowatych, z własnych środków kupuje konie i renifery, ucząc mieszkańców Wyspy Beringa ich hodowli. Na Wyspach Komandorskich i na Kamczatce zakłada farmy kóz i królików, otwiera rezerwaty dla soboli, co głodującym mieszkańcom wysp poprawia ich warunki bytowe. Prowadzi dalsze badania zoologiczne i antropologiczne.
W 1883 obejmuje katedrę zoologii na Uniwersytecie Lwowskim. Tworzy oryginalną teorię budowy zębów ssaków. Jako pedagog deklaruje się zwolennikiem teorii ewolucji Karola Darwina, co za sprawą klerykałów i narodowców przyspiesza jego emeryturę.
W 1884 zakłada we Lwowie Muzeum Zoologiczne. Wypełnia je cennymi zbiorami z Kamczatki, Bajkału, Wschodniej Syberii, południowej Rosji i Morza Kaspijskiego (60 skrzyń o wadze ponad 11 ton). Mieszkańcy Wyspy Beringa podarowują mu unikatowy eksponat – szkielet krowy morskiej (Hydrodamalis gigas).
I wojna światowa zastaje Dybowskiego w nowogródzkim majątku jego siostry na terenie Rosji. Jako obywatel Austrii ma być zesłany do Jakucji – ratuje go wstawiennictwo znanych rosyjskich naukowców, Cesarskiej Akademii Nauk i Cesarskiego Towarzystwa Geograficznego. Wkroczenie armii niemieckiej umożliwia mu powrót do Lwowa.
Wśród lwowskich elit Benedykt Dybowski szuka zwolenników trzeźwości– zakłada stowarzyszenie Eleuteria. Zostaje członkiem Polskiego Towarzystwa Ludoznawczego we Lwowie. Publikuje sporo okolicznościowych artykułów po powstaniu Państwa Polskiego.
Honorowy obywatel Lwowa, pochowany jest na "górce powstańców styczniowych" na Cmentarzu Łyczakowskim.
