Wojciech Czepiel zadebiutował jako dyrygent w 1981 roku z Orkiestrą Akademii Muzycznej w Krakowie. W latach 1982-1984 był dyrygentem asystentem i równocześnie koncertmistrzem Orkiestry Filharmonii Krakowskiej. Od 1984 do 1986 roku był dyrektorem artystycznym Filharmonii Bałtyckiej w Gdańsku, a następnie w latach 1986-1990 dyrygentem Warszawskiej Opery Kameralnej. W sezonie 1990/1991 pracował jako drugi dyrygent w Filharmonii Łódzkiej im. Artura Rubinsteina, zaś w latach 1991-1994 był wicedyrektorem i dyrygentem Polskiej Orkiestry Radiowej w Warszawie. W latach 1997-2006 był dyrygentem Orkiestry Symfonicznej Akademii Muzycznej w Krakowie, z którą wystąpił między innymi na festiwalu Beethovenfest w Bonn i na Warszawskiej Jesieni, a także w Filharmonii Narodowej w Warszawie. Od 2000 do 2013 roku pełnił funkcję dyrektora artystycznego i dyrygenta Orkiestry Filharmonicznej w Bejrucie. Wystąpił także na wielu renomowanych festiwalach muzycznych, takich jak Midem Cannes, Dresdner Musikfestspiele, Palermo, Forum Bratislava, Carintischer Sommer w Villach, Beethovenfest w Bonn, Al Boustan Festival w Bejrucie, Warszawska Jesień, Festiwal Muzyki Współczesnej w Krakowie, Festiwal "Muzyka w Starym Krakowie", Tunis Festival i Abu Dhabi Music & Arts Festival, gdzie dyrygował finałowym koncertem Orkiestry Symfonicznej Teatru "Bolszoj" z Moskwy. W maju 2012 roku został odznaczony przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego medalem Gloria Artis.
Dyrygent od wielu lat współpracuje z artystami z Azji Południowo-Wschodniej. W 2017 roku poza występem z Hanoi Philharmonic Orchestra dyrygował także Orchestra for Myanmar and Choir w Rangunie. Oprócz koncertu 6 kwietnia 2018 roku, jesienią na zaproszenie Hanoi Academy of Music artysta poprowadzi koncerty z okazji stulecia odzyskania niepodległości przez Polskę.