Studiował w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Warszawie, uzyskując dwa dyplomy: w zakresie gry na organach u Feliksa Rączkowskiego (1971) i kompozycji w klasie Tadeusza Paciorkiewicza (1974). W latach 1973-81 był przewodniczącym Stowarzyszenia Polskiej Młodzieży Muzycznej "Jeunesses Musicales de Pologne", a od 1981 do 1997 – prezesem Polskiego Instytutu Muzycznego. Jest również inicjatorem i dyrektorem artystycznym festiwalu "Conversatorium Muzyki Organowej" w Legnicy.
Działalność koncertową jako organista rozpoczął jeszcze w czasie studiów. Występował wielokrotnie w kraju i za granicą, m.in. w Austrii, Belgii, Bułgarii, Czechach, Danii, Finlandii, Hiszpanii, Niemczech, Włoszech i na Węgrzech. Dokonał wielu nagrań muzyki organowej dla rozgłośni radiowych oraz wytwórni fonograficznych, m.in. dla Polskich Nagrań, Polonia Records, MTJ, Sonoton Pro Viva w Monachium, Edition w Berlinie. Jego utwory wykonywane były na koncertach i festiwalach muzycznych w kraju i za granicą (Austria, Belgia, Białoruś, Bułgaria, Czechy, Dania, Finlandia, Francja, Hiszpania, Holandia, Japonia, Kanada, Korea Południowa, Kuba, Liban, Litwa, Niemcy, Norwegia, Słowacja, Szwecja, Szwajcaria, Ukraina, Stany Zjednoczone, Węgry, Wielka Brytania, Włochy).
Zainicjował serię wydawnictw dawnej i współczesnej muzyki polskiej przeznaczonej na organy, obejmującą m.in. "Krakowską Tabulaturę Organową" z I poł. XVI wieku, "Gdańską Tabulaturę Organową" z 1591 oraz "Warszawską Tabulaturę Organową" z XVII wieku.
Za swoją twórczość kompozytorską otrzymał wiele nagród. W 1975 zdobył I nagrodę na Konkursie Młodych Związku Kompozytorów Polskich za "Nokturny" na baryton i orkiestrę kameralną (1975), w 1978 - III nagrodę na Konkursie Kompozytorskim im. Artura Malawskiego w Krakowie za "Ilustracje" na baryton i zespół kameralny (1978), a w 1981 - II nagrodę na Ogólnopolskim Konkursie Kompozytorskim w Białymstoku za "Das Echo fernster Glückserinnerung" na baryton i zespół kameralny (1981). Pięciokrotnie był laureatem Konkursu Kompozytorskiego Warszawskiego Oddziału Związku Kompozytorów Polskich: w 1982 jego utwór "Ranek" na chór mieszany (1982) otrzymał III nagrodę, w 1984 "Nonet" na kwintet dęty i kwartet smyczkowy (1984) – II nagrodę, w 1985 "Miniatury" na sopran i zespół kameralny (1985) - III nagrodę, w 1986 – "Duo" na saksofon i perkusję (1986) – wyróżnienie, w 1987 "Fantazja" na wiolonczelę i smyczki (1987) – III nagrodę. W tym samym roku zdobył również III nagrodę na Ogólnopolskim Konkursie Kompozytorskim ZAiKS w Warszawie za "Aforyzmy" na sopran i zespół kameralny (1987). Ponadto w 1980 został uhonorowany Nagrodą Ministra Kultury i Sztuki III stopnia, w 2008 – Nagrodą Honorową Związku Kompozytorów Polskich.
Stanisław Moryto był profesorem w Katedrze Kompozycji Akademii Muzycznej w Warszawie. W latach 1996-2002 był również prorektorem, w latach 2002-2005 dziekanem Wydziału Kompozycji, Dyrygentury i Teorii Muzyki, w latach 2005-2012 pełnił funkcję rektora warszawskiej uczelni. Ponadto uczył w Zespole Państwowych Szkół Muzycznych im. Józefa Elsnera w Warszawie.
Ważniejsze kompozycje:
- Koncert na organy małe, wielkie i orkiestrę symfoniczną (1974)
- Studium na organy (1974)
- Aria na sopran i organy (1974)
- Nokturny na baryton i orkiestrę kameralną (1975)
- Tryptyk na chór mieszany (1975)
- Epizody na wiolonczelę i orkiestrę symfoniczną (1977)
- Elegie na sopran i fortepian (1977)
- Ilustracje na baryton i zespół kameralny (1978)
- Verset na organy (1979)
- Rapsod na sopran i smyczki (1979)
- Epitafium na orkiestrę (1981)
- Das Echo fernster Gückserinnerung na baryton i zespół kameralny (1981)
- Aria i chorał na skrzypce solo (1982)
- Ranek na chór mieszany (1982)
- Retrospekcje na orkiestrę symfoniczną (1983)
- Przebudzenie na chór mieszany (1984)
- A tre na dwa akordeony i perkusję (1984)
- Nonet na kwintet dęty i kwartet smyczkowy (1984)
- Freski na 4 solistów i 2 grupy chóralne (1985)
- Cantio polonica na organy (1985)
- Vers libre na perkusję solo (1985)
- Miniatury na sopran i zespół kameralny (1985)
- Duo na saksofon i perkusję (1986)
- Koło na saksofon solo (1986)
- Fantazja na wiolonczelę i smyczki (1987)
- Conductus na dwa akordeony i organy (1987)
- Aforyzmy na sopran i zespół kameralny (1987)
- Elevazione na zespół kameralny (1988)
- Per uno solo na perkusję (1988)
- A due na dwa akordeony (1988)
- Kolęda na głos i fortepian (1989)
- E-La na akordeon solo (1989)
- Canto na puzon i organy (1990)
- Bez tytułu na klarnet basowy i marimbafon (1991)
- Koncert na wiolonczelę i orkiestrę smyczkową (1992)
- Antyfony na sopran i organy (1992)
- Tryglif na flet, gitarę i akordeon (1993)
- Trzy psalmy na chór mieszany (1994)
- Te Deum na sopran, chór mieszany i wielką orkiestrę dętą (1995)
- Kolęda na chór mieszany (1996)
- Święty Boże na sopran, tenor i chór mieszany (1996)
- Da pacem domine na organy (1997)
- Pięć pieśni kurpiowskich na chór żeński (1997)
- Minęły chwile szczęśliwe, pieśń na sopran i fortepian (1998)
- Veni creator na organy (1998)
- Hymnus na chór mieszany (1998)
- Trzy pieśni na sopran i fortepian (1998)
- Sonet VI [wersja I] na chór mieszany a cappella (1998)
- Stabat Mater na sopran, chór mieszany i orkiestrę symfoniczną (1999)
- Kanta na sopran, recytatora, chór mieszany i wielką orkiestrę dętą (1999)
- Preces pro Polonia na 8-głosowy chór mieszany (1999)
- Madrygały na chór mieszany a cappella (1999)
- Sonet VI [wersja II] na chór głosów równych (1999)
- Carmina crucis na perkusję solo (2000)
- Msza Legnicka na sopran, alt, chór mieszany i organy (2000)
- Ad laudes (Aeterne rerum Conditor – Odwieczny Stwórco) na trzy 5-głosowe chóry mieszane (2001)
- Ave Maria na 5-głosowy chór żeński (lub chór dziecięcy) (2001)
- Gorzkie żale na sopran (lub chór mieszany), recytatora, kwintet dęty, perkusję i organy (2001)
- Mędrzec Bakałaj na chór głosów równych, trąbkę, marimbę i wiolonczelę (2001)
- Hymnus in Honorem Sanctae Hedvigis na chór głosów równych (2001)
- Pięć pieśni Eliasza Rajzmana na głos żeński i fortepian (2002)
- Msza dziecięca na głosy solowe, chór chłopięcy (lub chór żeński) i organy (2002)
- Trzy dawne pieśni żołnierskie na sopran i orkiestrę dętą (2002)
- Utwory dla dzieci na fortepian (2003)
- Missa solemnis. Hommage à Josquin Desprez na sopran, 3-głosowy chór mieszany i 6 instrumentów dętych blaszanych (2004)
- Cztery pieśni na sopran i fortepian (2004)
- Koncert na harfę, perkusję i orkiestrę kameralną (2005)
- Missa brevis pro defunctis na chór mieszany a cappella (2005)
- O mors crudelis na chór mieszany (2005)
- Siedem pieśni kurpiowskich na mezzosopran i fortepian (2006)
Autor: Małgorzata Kosińska, Polskie Centrum Informacji Muzycznej, Związek Kompozytorów Polskich, wrzesień 2002; aktualizacja: grudzień 2008