W latach 2006-2014 związany z bydgoskim Teatrem Polskim jako dramaturg, jest także współautorem scenariuszy scenicznych do wielu spektakli Mai Kleczewskiej m.in.: "Fedry" Eurypidesa, "Marata/Sade’a" wg Petera Weissa, "Orestei" Ajschylosa, "Płatonowa" Czechowa, "Babel", "Podróży zimowej", "Cienie. Eurydyka mówi" na podstawie tekstów Elfriede Jelinek, a także szekspirowskiej "Burzy" ,"Szczurów" Gerharda Hauptmanna ( koprodukcja Teatru Powszechnego w Warszawie i krakowskiego Teatru Łaźnia Nowa) i "Dybuka" ( Teatr Żydowski w Warszawie). Za adaptację "Sprawy Dantona" w reżyserii Pawła Łysaka dostał nagrodę na festiwalu Klasyka Polska w Opolu.
Jest reżyserem polskiej prapremiery tekstu Elfriede Jelinek "O zwierzętach"( w przekładzie Karoliny Bikont, 2008), spektaklu nagrodzonego za debiut reżyserski na Festiwalu Prapremier w Bydgoszczy. Na koncie ma także spektakle według Sarah Kane ( "Łaknąć") i Eurypidesa ("Hekabe"). Wspólnie z Magdą Fertacz sięgał też po historie napisane przez grupę więźniarek z zakładu karnego w Krzywańcu. Dokumentalny teatralno-muzyczny projekt "Nikt nie byłby mną lepiej. Koncert" prezentowany był w Lubuskim Teatrze w Zielonej Górze. Twórcy tak opowiadali o nim Dawidowi Karpiukowi w "Newsweeku"
" Bardzo chciałam, żeby praca w teatrze miała jakiś wymierny efekt. Pojechaliśmy do więzienia dać głoś kobietom na co dzień niewidzialnym. To nie był projekt resocjalizacyjny, nie myśleliśmy naiwnie, że zmienimy im życie. Czuliśmy, że do pewnego momentu nasze życiorysy są zbieżne. Każdego z nas. Co takiego się potem wydarza, że my zaczynamy pracować w teatrze, a drugi człowiek traci kontrolę nad swoim życiem i popełnia przestępstwa? "
Projekt jest częścią tryptyku poświęconego kobietom wykluczonym. Reżyser zabrał też głos w sprawie społecznej sytuacji wdów z indyjskiego miasta Vrindavan, do którego pielgrzymują kobiety z całych Indii, które utraciły mężów i zostały pozbawione środków do życia.Twórcy spektaklu jeszcze wiele razy wracali do Indii, szlifując i uzupełniając tekst sztuki o kolejne wątki. - Zależało mi, by wdowy uzyskały podmiotowość. By stały się widzialne z imienia i nazwiska- podkreślał reżyser w rozmowie z Culture.pl. Indyjska premiera odbyła się w listopadzie 2016 w Akademii Sztuk Pięknych w Kalkucie, a w grudniu w warszawskim Teatrze Powszechnym. W trzeciej i ostatniej części tryptyku, Chotkowski wraz z Magdą Hueckel i Tomaszem Śliwińskim oddadzą głos kobietom zgwałconym podczas współczesnych wojen w Afryce.