W 1920 roku, po ukończeniu Szkoły Handlowej, Józef Szanajca wyjechał z rodzinnego Lublina, by rozpocząć naukę na Wydziale Architektury Politechniki Warszawskiej. W trakcie studiów architekt poznał Bohdana Lacherta, z którym połączyło go zainteresowanie nowoczesnymi kierunkami w architekturze (wykładanymi w pracowniach Tadeusza Tołwińskiego i Romana Piotrowskiego). Mimo wielu różnic (temperamentu, usposobienia czy pochodzenia) Szanajca i Lachert stworzyli zgrany tandem, który przez 17 lat wspólnie opracował prawie sto pięćdziesiąt projektów, z czego czterdzieści doczekało się realizacji.
W 1926 roku w ramach pracy dyplomowej przygotowanej w pracowni prof. Rudolfa Świerczyńskiego, Szanajca stworzył koncepcję zabudowy dzielnicy mieszkaniowej domami wielopiętrowymi. Futurystyczna i niemal nierealna w swej skali (każdy blok miał pomieścić 2,8 tys. mieszkańców) propozycja zakładająca stworzenie kaskady ciągnących się uskokami kilkunastopiętrowych przeszklonych budynków, zaprojektowanych tak, by "najlepiej wyglądały oglądane z pędzącego samochodu", zdradzała fascynację modernistyczną estetyką maszyny. Windy, ruchome chodniki, a także niemal jednoprzestrzenne wnętrza dopasowujące się do potrzeb użytkownika: wszystko to stanowiło realizację formujących się wówczas (m.in. za sprawą Le Corbusiera) założeń nowoczesnej architektury.
Na studiach Szanajca nawiązał znajomość z Szymonem Syrkusem, o dekadę od niego starszym architektem i teoretykiem nowych ruchów awangardowych, silnie związanym ze środowiskami międzynarodowymi (m.in. Gropiusem, Malewiczem, Le Corbusierem). W 1926 roku Szanajca był współzałożycielem awangardowego ugrupowania Praesens.
Wille
Niedługo po ukończeniu studiów, w 1926 roku Szanajca i Lachert opracowali dla Kazimiery Scheunertowej projekt nowoczesnej willi na Kamiennej Górze koło Gdyni (niezrealizowany). W 1928 roku dzięki zaangażowaniu kapitału ojca Lacherta, Wacława, duet przystąpił do realizacji willi przy ulicy Katowickiej na Saskiej Kępie. Trójkondygnacyjny dom rodzinny Lachertów podążał za sformułowanymi przez Le Corbusiera pięcioma zasadami nowoczesnej architektury: zastosowanie żelbetowej konstrukcji szkieletowej zapewniło możliwość swobodnego formowania wnętrz i elewacji, a umieszczenie całości na słupach pozostawiło parter częściowo otwarty. Nowatorska forma plastyczna, zastosowanie eksperymentalnych materiałów oraz spójne z resztą budynku opracowanie wnętrz sprawiły, że willa przy Katowieckiej była jedną z pierwszych w pełni awangardowych realizacji w architekturze polskiej.
W 1930 roku, również na Saskiej Kępie, architekci zaprojektowali dom dla małżeństwa Szyllerów, a w 1934 roku, ponownie na zlecenie Wacława Lacherta – kamienicę przy ulicy Francuskiej 12, jeden z pierwszych w Warszawie bloków o układzie galeriowym.
W 1927 roku Szanacja wraz z Lachertem i konstruktorem Stanisławem Hemplem wzięli udział w międzynarodowym konkursie na Gmach Ligii Narodów w Genewie. Ich koncepcja nie została nagrodzona, ale spotkała się z pozytywnym odbiorem Le Corbusiera oraz innych postępowych architektów zrzeszonych w CIAM (Congrès International d'Architecture Moderne) – międzynarodowej organizacji pracującej nad poprawą stanu miast. Szanajcę, jako jednego z dwóch delegatów z Polski, zaproszono do uczestniczenia w pracach Kongresu.
W 1930 roku na odbywającej się w Poznaniu Powszechnej Wystawie Krajowej Szanajca i Lachert zaprezentowali funkcjonalistyczny pawilon Centro Cementu – stworzony z otynkowanego drewna (do złudzenia przypominającego beton) i otoczony betonowymi elementami małej architektury.
Osiedla społeczne
Rozwijane na łamach czasopisma Praesens koncepcje architektury elastycznej, dostosowującej się do użytkowników, wygodnej, ale i zmierzającej do typizacji, a przez to taniej, znalazły odzwierciedlenie w projektach osiedli.
W 1926 roku dziesięć projektów taniego domu mieszkalnego autorstwa Szanajcy, Lacherta i Lecha Niemojewskiego zostało zaprezentowanych podczas VI Targów Wschodnich we Lwowie. Koncepcje te dały początek projektowaniu osiedlowego mieszkania minimum opartego na zasadach funkcjonalnych i typizacji, rozwijanych potem m.in. w zaprojektowanych przez Syrkusów osiedlu WSM na Rakowcu.
Stowarzyszenie Budowlano-Mieszkaniowe ZUS-u
W latach 1929-39 Szanajca pracował na Wydziale Architektury Politechniki Warszawskiej w Katedrze Projektowania Hal Przestrzennych jako starszy asystent (a w praktyce zastępca) dojeżdżającego z Karkowa profesora Adolfa Szyszko-Bohusza. W 1931 roku został etatowym architektem Stowarzyszenia Budowlano-Mieszkaniowego ZUS-u.
Dla ZUS-u zrealizował szereg zleceń, m.in. urzędnicze domy mieszkalne Warszawa I przy ulicy Mickiewicza 27 (1930-31). W przypominających silosy masywnych wieżach architekt ukrył klatki schodowe, połączone mostkami z galeriową konstrukcją pozostałej części budynku. Niedługo potem powstał budynek Warszawa II (przy ul. Krasińskiego 20) oraz budynek Warszawa IV (przy ulicy Mickiewicza 20, z S. Brukalskim) pokryty okładziną z falistego eternitu.
W 1936 roku na zlecenie ZUS-u, we współpracy z Lachertem i Romanem Piotrowskim, Szanajca zaprojektował kolonię jednorodzinnych domów szeregowych przy ul. Promyka i Dziennikarskiej. Zastosowano charakterystyczne rozwiązanie funkcjonalne znane z willi przy ul. Katowickiej: pomieszczenia gospodarcze od ulicy schowano za małymi "strzelniczymi" okienkami, zaś od ogrodu pokaźne przeszklenia otwierały części mieszkalne na zieleń. W latach 30. na zamówienie ZUS powstawały również sanatoria przeciwgruźlicze, m.in. w Tuszynku pod Łodzią (1937) oraz Kruku pod Gostynie (1938).