Do 1945 przebywał na zesłaniu w Kazachstanie wraz z rodziną, która po wojnie powróciła do Polski i zamieszkała w Łodzi. Jest młodszym bratem reżysera Andrzeja Kondratiuka. Podobnie jak brat podjął studia w łódzkiej Filmówce. Zdecydował się na reżyserię, którą ukończył w 1969 roku, dyplom uzyskując kilka lat później. Janusz Kondratiuk jest autorem co najmniej kilku filmów, dzięki którym na trwałe zapisał się w historii polskiego kina. Powstałe w latach 1970. komedie takie jak "Dziewczyny do wzięcia" i "Czy jest tu panna na wydaniu?" dziś stały się filmami kultowymi i ciszą się niegasnącym powodzeniem.
Za etiudę szkolną "Nie mówmy o tym więcej" Janusz Kondratiuk otrzymał Grand Prix w kategorii filmów szkolnych na Międzynarodowym Festiwalu Filmowym w Oberhausen w 1969 roku. W 1972 nagrodę "Złoty Ekran" przyznawaną przez pismo "Ekran" za filmy: "Niedziela Barabasza" i "Dziewczyny do wzięcia". Za drugi z tych filmów otrzymał także rok później Nagrodę Główną "Jantar 73" podczas 1. Międzynarodowych Spotkań Filmowych "Młodzież na ekranie" w Koszalinie (festiwalu przemianowanym potem na Koszalińskie Spotkania Filmowe "Młodzi i Film").
Już w 1969 roku, tuż po studiach, Janusz Kondratiuk w wypowiedzi dla tygodnika "Film" deklarował, że pragnie kręcić filmy fabularne w typie "postdokumentalnym"("Film" 20/1969). I takie właśnie kino przez długi czas z powodzeniem uprawiał.
Wczesne prace Janusza Kondratiuka to skromne fabularne filmy telewizyjne, które okazały się prawdziwymi perłami i ujawniły talent reżysera. Najgłośniejsze z nich to "Dziewczyny do wzięcia" z 1972, czy równie znakomity film "Czy jest tu panna na wydaniu?" z 1976, przy którym współautorem scenariusza był brat reżysera Andrzej. Jednym tchem z tymi tytułami wymieniany jest jako kultowy film Andrzeja Kondratiuka "Wniebowzięci", przy którym brat Janusz wspierał go współpracą reżyserską.
Bracia Kondratiukowie w latach 70. często postrzegani byli jako spółka autorska, a ich filmy oglądano jakby wyszły spod jednej ręki, co w dużej mierze było uprawnione. Krytyka porównywała tak filmy Janusza, jak i "Wniebowziętych" jego brata z kinem czeskim lat 60., przede wszystkim z filmami Miloša Formana i Jiři'ego Mentzla.
Kondratiukowie stronili od skomplikowanych fabuł. Podobnie jak w czeskiej nowej fali, ulubioną formą polskich twórców była stylizacja na dokument, stawianie na talent niezawodowych (z nielicznymi wyjątkami) aktorów, na ich naturalność i brak pozy. Podobnie, jak "Miłość blondynki" czy "Czarny Piotruś" Formana, ich filmy opowiadały o zwykłych, wręcz nieciekawych ludziach, żyjących w nieciekawym świecie. Czyniły to z ironicznym humorem, ale też z charakterystyczną melancholią i nieodzowną dawką ciepła. Realizm tych filmów jest nie do przecenienia. Agnieszka Holland pisała w "Kinie" (10/2004):
W najlepszych czeskich filmach ludzkie twarze, brzydkie i niezdarne ciała były niesłychanie ważne. Nawet młodzi i ładni - jak blondynka i pianista w "Miłości" - mieli w sobie coś żałosnego i bezradnego.
Takie też są w "Dziewczynach do wzięcia" nieatrakcyjne, niemądre dziewczyny z podwarszawskiej prowincji, szukające wrażeń w stolicy i tacy są poznani przez nie młodzi mężczyźni, skrępowani, niepotrafiący prowadzić najprostszej rozmowy. Taki sam, choć o tym pewnie nie wie, jest ich kolega kelner, który tylko im może wydać się osobą należącą do wytwornego towarzystwa. A także bohaterowie "Czy jest tu panna na wydaniu?", młody chłopak ze wsi pragnący się ożenić i jego troskliwy ojciec chrzestny kreowany przez Romana Kłosowskiego, wytrwale poszukujący tytułowej panny dla swego podopiecznego. Zachowują się niezręcznie i mówią sztucznie, a w tej sztuczności są nad wyraz naturalni, bo jest ona składnikiem ich świata, bo sięgając po wytworne - w ich mniemaniu - zwroty, innym i sobie samym chcą się wydać bardziej atrakcyjni i wartościowi. Marzą, ale ich pragnienie przynależenia do lepszego świata nie może się zrealizować. Wie o tym widz, nie wiedzą bohaterowie. Wie reżyser filmu i robi dla swoich bohaterów jedyne co może zrobić - pokazuje ich tak, żeby widz oglądając te banalne historie, widział bohaterów żałośnie śmiesznymi co prawda, ale i, przez przyrodzoną bezradność, tragicznymi. Jacek Szczerba pisał o "Dziewczynach do wzięcia" w "Gazecie Wyborczej" (22.11.1999):
W komedii Janusza Kondratiuka czuje się dokumentalną inspirację w duchu szkoły czeskiej sprzed roku 1968. Śmieszno tu i straszno zarazem. Poraża rozziew między nadziejami bohaterek i rzeczywistością.
Paradoksem było, że Janusz Kondratiuk podbiwszy już serca widzów telewizyjnymi komediami, wciąż nie zaprezentował pełnometrażowego debiutu fabularnego. Miały być nim zrealizowane w 1974 roku "Głowy pełne gwiazd", film nie uzyskał jednak akceptacji kierownictwa kinematografii. Skolaudowany został dopiero w 1980, a na ekrany kin wszedł w 1983 i, wskutek słabej dystrybucji, pozostał raczej niedostrzeżony. Przeleżał swój czas na półce, podobnie jak średniometrażowa, dotycząca stosunku władza-robotnicy, "Mała sprawa" z 1975. Bożena Janicka pisała w "Filmie" (9/1984):
Jeden z najbardziej niezwykłych filmów o wojnie i wyzwoleniu, jakie u nas zrealizowano, "Głowy pełne gwiazd", przepadł dla kina bezpowrotnie, mimo, że 10 lat po swych narodzinach formalnie wszedł na ekrany.
"Głowy pełne gwiazd" nie były wprost niecenzuralne, ale, jak przypuszcza Bożena Janicka, nie pasowały do aktualnie wówczas obowiązującej wizji wojny. Stawiała hipotezę:
Myślę, że broniłby filmu najgoręcej – gdyby wówczas jeszcze żył – twórca "Eroiki" i "Zezowatego szczęścia", czyli Andrzej Munk. Coś z munkowskiego spojrzenia na wojenną rzeczywistość, z ducha żartu i kpiny, którymi inteligentny człowiek (zwłaszcza Polak...) próbuje bronić się przed jednowymiarowością patosu unosi się nad 'Głowami pełnymi gwiazd.