Studio Eksperymentalne Polskiego Radia
W 1965 podjął współpracę ze Studiem Eksperymentalnym Polskiego Radia w Warszawie, gdzie powstawały jego kompozycje elektroniczne. Zdobył nagrody na wielu konkursach kompozytorskich: w 1959 - na Konkursie im. Grzegorza Fitelberga za "Monosonatę" na 6 kwartetów smyczkowych (1959) i "Quattro movimenti" na fortepian i orkiestrę (1957), w 1962 - na Konkursie im. Artura Malawskiego za "Musica IPSA" na orkiestrę niskich instrumentów (1962) i "Cztery utwory na trio smyczkowe" (1962), a w 1964 - na wspomnianym już Konkursie im. Grzegorza Fitelberga za "Małą symfonię Sculturę" (1960) i za "Collage and Form" na ośmiu muzyków jazzowych i orkiestrę (1963). W 1987 na Festiwalu Polskich Sztuk Współczesnych we Wrocławiu otrzymał nagrodę za twórczość dramaturgiczną. Ponadto został uhonorowany: Nagrodą Ministra Kultury i Sztuki (1971, 1972, 1980, 2001), Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski (1972), Nagrodą Związku Kompozytorów Polskich (1977), Nagrodą miasta Krakowa (1977), Nagrodą Fundacji im. Alfreda Jurzykowskiego w Nowym Jorku (1999), Złotym Medalem "Zasłużony Kulturze Gloria Artis" (2006). W 1999 roku Bogusław Schaeffer opisał siebie w książce programowej Warszawskiej Jesieni:
Jestem czynnym kompozytorem (ponad 440 kompozycji różnego rodzaju, od utworów solowych aż po mega-symfonie i opery), dramaturgiem (właśnie piszę 39. sztukę; sztuki moje egzystują w 17 językach z estońskim, węgierskim i hebrajskim włącznie; wiele prapremier teatralnych odbyło się poza Polską) oraz czynnym grafikiem. Od kilkunastu lat moim celem jest tworzenie za pomocą nowych i najnowszych środków estetycznie doniosłej muzyki. W teatrze - sześć moich sztuk było granych ponad 250 razy - staram się o przenoszenie moich doświadczeń kompozytorskich na teren sceniczny, lubię też eksperymentować - sztuka "Multi" pisana i grana jest w pięciu językach jednocześnie. W 1998 otrzymałem w Nowym Jorku Nagrodę im. Jurzykowskiego. W maju 1999 odbyło się Międzynarodowe Sympozjum Naukowe zorganizowane przez Uniwersytet Jagielloński, poświęcone mojej twórczości kompozytorskiej, dramaturgicznej i graficznej, połączone z koncertem monograficznym i wystawieniem sztuk teatralnych.
Bogusław Schaeffer był najbardziej oryginalną postacią polskiego życia muzycznego. Wyróżniały go niezwykle rozległe zainteresowania twórcze, awangardowa postawa i kontrowersyjne poglądy estetyczne. Jako kompozytor wyróżniał się nowatorstwem warsztatu i śmiałością w eksperymentowaniu z nowymi formami, gatunkami i rodzajami muzyki. Jako jeden z pierwszych twórców polskich zajął się muzyką elektroniczną.
Pierwszym polskim happeningiem muzycznym był jego utwór "Non-Stop" (1960). Schaeffer jako pierwszy podjął w Polsce gatunek teatru instrumentalnego w utworze "TIS MW2" (1963) napisanym dla słynnego eksperymentalnego Zespołu MW2. Niemal w każdym swoim dziele Schaeffer rozwiązywał nowy problem kompozytorski, rzucając wyzwanie polskiemu środowisku muzycznemu i wzbudzając żywe dyskusje o podstawowych zagadnieniach nowej muzyki. Sam kompozytor tak sklasyfikował swoją twórczość:
Moje kompozycje dzielą się na utwory eksperymentalne (do nich należą "Experimenta - nomen omen", "Azione a due", "Nonet dla trzech oboistów grających" – każdy – na trzech obojach jednocześnie i może około 20 innych utworów, które przyniosły mi wstyd, ale i szacunek, choć podobno eksperymentować nie wolno), na utwory lżejsze (tu należą takie kompozycje, jak "Kesukaan" czy "Kwartet 2+2"), na utwory poważne (większość moich kompozycji od "Tertium datur" przez "Koncert jazzowy", "Koncert B-A-C-H" na organy, skrzypce i orkiestrę, aż po "Koncert na kwartet smyczkowy i orkiestrę" oraz "Orchestral and Electronic Changes") i na utwory przyjemne, które miło się pisze, a które po prostu ładnie brzmią.
Dorobek kompozytorski Schaeffera nie ma sobie równych, w całej historii muzyki trudno znaleźć podobnie płodnego kompozytora. Napisał około 550 utworów muzycznych, w 23 różnych gatunkach, wiele z nich dopiero czeka na wykonawcę. Adam Wiedemann wspominał na łamach Dwutygodnika w artykule, napisanym na 80. urodziny kompozytora:
Byłem kiedyś w mieszkaniu państwa Sch. na nowohuckim osiedlu Kolorowym i widziałem te stosy i góry teczek pełnych kaligraficznie zapisanego papieru nutowego (bo Schaeffer jest kaligrafem, choćby się do tego nie przyznawał); pod tym względem ich mieszkanie może się równać tylko z mieszkaniem Marii Janion oraz archiwum IPN. Mamy tu rzeczy arcyciekawe, koncerty na wszelkie możliwe instrumenty oraz ich zestawy, w tym nawet koncert na skrzypce i chór żeński.