Z wykształcenia jest muzykolożką i skrzypaczką. Zawodowo zaczęła gotować po studiach. Od kilku lat z powodzeniem szefuje autorskiej restauracji "Opasły Tom PiW", należącej do rodziny Kręglickich – znanych warszawskich restauratorów. Ponieważ urządzono ją w dawnej księgarni Państwowego Instytutu Wydawniczego, to oprócz jedzenia w centrum są tam książki. Kilkadziesiąt lat temu w lokalu mieściła się kawiarnia literacka, w której bywali słynni polscy poeci czy aktorzy, np. Antoni Słonimski, czy Gustaw Holoubek.
Przed objęciem kuchni w "Opasłym", Agata Wojda przez osiem lat prowadziła restaurację "Absynt" (zdobyła wówczas czterokrotnie wyróżnienie Bib Gourmand przewodnika Michelin). W tym roku w polskiej edycji przewodnika kulinarnego Gault & Millau uznano ją za najlepszą kobietę szefa w Polsce. Ale nie lubi słuchać o sobie, że jest najlepsza. Jak podkreśla, oczekiwania gości bywają różne, a ona nie chce kogoś rozczarować. Często reprezentuje polską kuchnię za granicą – jest np zapraszana do Izraela, by opowiadać o polskich smakach, dawać pokazy kulinarne czy prowadzić warsztaty dla tamtejszych szefów kuchni. Jest również poważaną felietonistką kulinarną.
Nic nie wskazywało na to, że Agata Wojda zawodowe życie zwiąże z gastronomią. Jako dziewczynka uczyła się gry na skrzypcach. Równocześnie chodziła do dwóch szkół – zwykłej i muzycznej. Tak nauczyła się systematyczności i organizacji pracy. Jej pierwsze przygody z kuchnią? Jak wiele innych dzieci w okresie PRL, nosiła przysłowiowy "klucz na szyi". Sama wracała ze szkoły do domu i gdy rodzice jeszcze byli w pracy, uczyła się smażyć omlety i frytki, by w końcu dojść do wprawy w ugotowaniu domowego obiadu.
Studiowała muzykologię, do której nie była przekonana. Gdy ją ukończyła, przez jakiś czas pracowała jako nauczyciel muzyki, ale dalej poszukiwała prawdziwej pasji. Odnalazła ją podczas podróży. Któregoś dnia pojechała ze swoim ówczesnym partnerem do Hiszpanii, żeby przeprowadzić katamaran do RPA. Miała pełnić na nim funkcję pokładowego kucharza.
"Z wyprawy nic nie wyszło, ale przy tej okazji dotarło do mnie, że można robić w życiu – inne niż muzyka – ciekawe rzeczy. W hiszpańskich portach było mnóstwo ofert pracy dla kucharzy. Otworzyły mi się oczy. Chciałam spróbować. Jestem jednak rozsądna. Wróciłam do Warszawy, żeby przygotować się do zawodu kucharza na statku. Szukałam pracy w restauracji, żeby się poduczyć i nabrać doświadczenia"
– opowiada w jednym z wywiadów. Z planów wyjazdowych nic nie wyszło, gdyż zostawił ją chłopak. Ale została praca w restauracji, która ją bez reszty wciągnęła.
Dla szefowej Wojdy najważniejszy jest smak. Mniej istotne są kulinarne eksperymenty. Choć używa metody sous vide (pozwala na lepszą organizację pracy w restauracyjnej kuchni), to z jej kuchni nie zniknęły klasyczne metody obróbki czy tradycyjna patelnia. Nie chce jeść robaków i nie odczuwa potrzeby eksperymentowania w tym kierunku. Woli zgłębiać kuchnię Węgier, Austrii czy Wielkiej Brytanii. Ciekawym doświadczeniem było dla Wojdy odkrycie "polskości" w Izraelu, czyli w kuchni potomków polskich Żydów, którzy z pokolenia na pokolenie korzystają z receptur przekazanych przez babki.
Zawsze podkreśla, że kobiety wiele wnoszą do gastronomii:
„dziewczyny, które wybierają zawód kucharza z powołania, są świetne. Często są prawą i lewą ręką znanych szefów kuchni. Podstawowa różnica miedzy mężczyznami a kobietami w kuchni jest taka, że kobieta potrafi myśleć o 19 rzeczach naraz.."
Uważa, że kobiece gotowanie różni się od męskiego: kobiety mają inny styl myślenia, są bardziej poukładane, a ich gotowanie jest bardziej spójne i bezpieczne.
Agata Wojda nie marzy o własnej restauracji. Z przyjemnością obserwuje gości z kuchni "Opasłego Tomu". Wielu z nich wraca, by zimą delektować się wybitną kaczką, wiosną pierogami z pokrzywą, a jesienią zupą dyniową. Do "Opasłego" wpadają młodzi i starzy, klienci z zasobnym portfelem, ale też i tacy, dla których to spory wydatek. Cieszy się, gdy starsi goście organizują u niej imprezy rodzinne – dla nich poziom nowatorstwa Wojdy jest odkrywczy, ale równocześnie mieści się w ich strefie komfortu. Cudzoziemcy, którzy u niej bywają, podkreślają, że tak właśnie chcieli zjeść w Polsce.
Chciałaby, aby w polskiej kuchni umiano wykorzystać regionalne produkty i by prócz dań tradycyjnych pojawiały się w niej nowoczesne pomysły, ale z szacunkiem dla produktu. Regionalna kuchnia z prawdziwego zdarzenia to jej zdaniem skuteczny sposób na utrwalanie narodowej tożsamości.