Studiował przez rok na ASP w Warszawie (1951-52). W 1958 ukończył historię sztuki na Uniwersytecie Warszawskim. W 1962 ukończył studia na Wydziale Operatorskim Państwowej Wyższej Szkoły Filmowej Telewizyjnej i Teatralnej w Łodzi. Był współzałożycielem warszawskiego Studenckiego Teatru Satyryków (STS) i autorem scenografii jego przedstawień. W latach 50. zrealizował kilkanaście filmów amatorskich na taśmie 16 mm, z których kilka uzyskało nagrody na konkursach filmowych, m.in. zrealizowane wspólnie z Andrzejem Błasińskim "Spojrzenie". Jego filmem dyplomowym była etiuda filmowa "Konflikty" (1960). Od 1961 Szczechura realizował filmy w łódzkim Studiu Małych Form Filmowych Se-Ma-For. Od 1970 wykładowca warszawskiej ASP - prowadzi pracownię filmu animowanego przy wydziale grafiki. Wykładowca uczelni zagranicznych, m.in. Królewskiej Akademii Sztuki w Gandawie i Emily Carr College w Vancouver. Członek Stowarzyszenia Filmowców Polskich, w latach 1970-73 w Zarządzie Głównym. Wiceprezes ASIFA (Międzynarodowego Stowarzyszenia Filmu Animowanego).
Daniel Szczechura jest laureatem wielu nagród za twórczość w dziedzinie filmu animowanego. Otrzymał m.in. medal Złotego Grona za całokształt twórczości na 4. Wystawie i Sympozjum Plastyki "Złote Grono" w Zielonej Górze (1969), Nagrodę im. Zenona Wasilewskiego (1975), Nagrodę Ministra Kultury i Sztuki II stopnia za całokształt twórczości filmowej w dziedzinie animacji (1975), Nagrodę Specjalną ASIFA za nieoceniony wkład w sztukę i rozwój filmu animowanego (1990) i nagrodę Gemma, Włoskiego Stowarzyszenia Filmu Animowanego.
Debiutował pod znakiem Jana Lenicy i Waleriana Borowczyka. Jak sam przyznał:
Nie ma co ukrywać, że inspirującym przykładem były dla mnie filmy Borowczyka i Lenicy, które swoją techniką wycinanki, pozwalającą pozbyć się całego bagażu animatorów, fazistów, asystentów, zrewolucjonizowały film animowany. (...) Wprowadzenie wycinanki poszerzyło zakres tematyczny filmu.
(cyt. w: M. Giżycki, "Nie tylko Disney - Rzecz o filmie animowanym", Warszawa 2000)
Podczas gdy klasyczny film animowany nie umiał wyjść poza sytuację, że "kotek goni myszkę", wycinanka pozwalała na poruszenie dużo poważniejszych problemów. W rozmowie z redakcją "Kwartalnika Filmowego" Szczechura mówił:
Ich pierwsze filmy animowane wywarły na mnie duże wrażenie, gdyż były robione bardzo serio.
("Kwartalnik Filmowy", 19-20/1997)
Jak powiedział w innym tekście w tym samym numerze pisma Szczechura, dzięki Lenicy i Borowczykowi i zastosowaniu przez nich techniki wycinanki "film animowany zmądrzał".
Jego debiutancki film "Konflikty" (1960), zrealizowany dość przypadkowo podczas praktyk w szkole filmowej, gdzie Szczechura kształcił się na operatora filmowego, nie był jednak przypadkowy w warstwie techniki. Łączył wycinankę ze scenami aktorskimi, dając dodatkowe możliwości gry z materią filmową. Jednym z elementów tej gry było wykorzystywanie - w scenach udających melodramat ze starego kina - aktorów, podczas gdy publiczność kinowa była przedstawiona techniką wycinankową. Tak, jakby oglądany przez widownię film był prawdziwszy niż życie. Co trafnie odczytywano, jako aluzję do rzeczywistości lat 60., czasów cenzury politycznej w Polsce, gdy władza decydowała, co pokazać publiczności, choć najczęściej rozmijało się to z jej gustami i pragnieniami. Film wyrastał także z doświadczeń Szczechury w Studenckim Teatrze Satyryków i jego kontaktów z cenzorami.
Z doświadczeń satyrycznych wyrastały także następne filmy Szczechury, debiut profesjonalny, czyli "Maszyna" (1961), zrealizowana rok później "Litera" i przede wszystkim najgłośniejszy film tego okresu, jak też niewątpliwie najlepszy z filmów Szczechury o charakterze satyrycznym, "Fotel" (1963). W pierwszym naśmiewał się z peerelowskiej gigantomanii, pokazując budowę ogromnej i skomplikowanej machiny, przeznaczonej do... ostrzenia ołówków. W "Literze" kierował uwagę na ideologię, która, enigmatyczna jak litera "N" z jego filmu, porywa tłumy, by okazać się tylko kpiną, żartem, dowcipem. Najmocniejszą drwiną z systemu panującego w ówczesnej Polsce był jednak "Fotel". Rozprawka na temat sposobów zdobywania władzy, w której ludzie filmowani z lotu ptaka już prawie nie przypominają ludzi, raczej pionki na szachownicy.
"Fotel", "Maszyna" czy "Litera" to filmy, które sprawiły, że Szczechura porównywany bywał ze Sławomirem Mrożkiem. Niektórzy jeszcze dziś (Jerzy Uszyński, "Kwartalnik Filmowy", 19-20/1997) widzą w nim przede wszystkim kronikarza polskiej rzeczywistości, potrafiącego celnie chwytać i wyśmiewać absurdy, których nie skąpiła PRL. Kraj, w którym, jak powiedział kiedyś satyryk Antoni Chodorowski, komentując swoje rysunki poświęcone warszawskiemu Pałacowi Kultury i Nauki, "wszystko jest śmieszne". Jednak takie odczytanie twórczości tego reżysera dotyczy tylko części jego dzieł. Bowiem już inny głośny film, "Hobby", zrealizowany w roku marcowego buntu studentów przeciwko totalitarnej władzy, czyli 1968, choć daje się odczytywać jako metafora zniewolenia i pragnienia wolności, wykracza poza taką interpretację. A nawet może się bez niej obejść. Także interpretacja psychologiczna, czy psychoanalityczna, gdzie odczytuje się ten film jako obraz zaborczości kobiet i naiwności mężczyzn, jest tylko cząstkowa. Podobnie z wcześniejszym filmem "Wykres", którego bohater goni za jakimś nieokreślonym punktem, nieosiągalnym celem. Można ten film czytać na sposób satyryczny - tak pędziliśmy wszyscy żyjący w ustroju tzw. realnego socjalizmu za nieosiągalnym celem, jakim miało być szczęście ludzkości w ustroju komunistycznym. Można jednak widzieć w tym obraz beznadziejności ludzkich dążeń, a więc odczytywać go na sposób filozoficzny, egzystencjalny. Jerzy Armata trafnie napisał, podsumowując z okazji pokazania zestawu 10 filmów Szczechury (''Hobby. Daniel Szczechura", 2002) jego drogę twórczą ("Kino", 2/2002):
Kino Daniela Szczechury zaczęło się od opisu rzeczywistości, satyrycznego, przejaskrawionego, szyderczego, ale jednak opisu. Szybko tonację buffo zastąpiło spojrzenie bardziej serio, a dokumentowanie naszej zewnętrzności - penetrowanie spraw, które siedzą ukryte gdzieś głęboko w nas.
Sam reżyser miał dosyć realizowania filmów wyłącznie w duchu satyrycznym.
Kiedy w '63 roku zrealizowałem 'Fotel', zarzucono mnie propozycjami w duchu 'chłostania biczem satyry' (...). Coś jednak odpychało mnie od tego nurtu, z perspektywy czasu widzę, że udało mi się uniknąć pułapki doraźności, ilustracyjności.
("Reżyser", 1/1998)
Kazimierz Żórawski ("Kino", 8/1971) podzielił filmy Szczechury pod względem treści na takie, które poruszają mechanizmy działające w ludzkich społecznościach, jak "Maszyna", "Fotel", Karol; takie, które sięgają do ludzkiej psychiki, jak "Wykres" i "Hobby"; wreszcie takie, w których reżyser poszukuje nowych obszarów, jak "Litera", "Podróż", "Pierwszy, drugi, trzeci..." i "Desant". Trudno do końca zgodzić się tutaj tylko z doborem przykładów, bo Desant, czy Litera, a nawet Pierwszy, drugi, trzeci... więcej mają wspólnego z "Maszyną" czy "Fotelem" niż z "Podróżą". Z kolei ten ostatni film najwięcej wspólnego ma niewątpliwie ze "Skokiem". Oba bowiem są próbą pokazania absurdu ludzkiego życia.
Jeszcze inaczej odbierać trzeba dwuczęściowy film "Fatamorgana" i "Fatamorgana II" (zrealizowane 10 lat później, nie uwzględnione więc przez K. Żórawskiego), surrealistyczne z ducha opowieści, gdzie rządzi logika snu. Inaczej wreszcie, sięgające także do snów, ale nie do ich radosnej, lecz koszmarnej strony, "Gorejące palce". Sen przypomina także "Dobranocka", ostatni film Daniela Szczechury.
On sam przekonany jest o ciągłej potrzebie odnawiania narracji w filmie animowanym. Stąd odejście w jego późniejszych filmach od wyrazistej, spuentowanej anegdoty, od fabuły na rzecz niedopowiedzenia, enigmatyczności. Jak skomentował "Fatamorganę':
Co poeta chciał przez to powiedzieć? Ja tego nie potrafię zwerbalizować.
("Kino", 11/12/1990 - w rozmowie z M. Giżyckim)
Daniel Szczechura wiele razy mówił o swoich filmach, jako o bliskich filmom fabularnym. Ma to wynikać z jego wykształcenia - studiował na wydziale operatorskim, powodem jest także mniejsza sprawność malarska czy graficzna, niż prezentują to koledzy, choćby Witold Giersz, do której reżyser się przyznaje. Stąd komponowanie kadru na sposób filmowy, nie plastyczny. Jak operator filmowy, a nie rysownik. On sam uważa, że film animowany nie jest plastyką, ponieważ nie można kontemplować jego scen w nieskończoność.
W rozmowie z redakcją "Kwartalnika Filmowego" (19-20/1997) powiedział:
Film jest ciągiem obrazów i każdy z nich ma sens w tym ciągu.
Widzi raczej jego związek z poezją:
"Dla mnie dobry film animowany to odpowiednik dobrej piosenki, na przykład Agnieszki Osieckiej, Wojciecha Młynarskiego albo Brela. Strasznie bym chciał, żeby animacje miały właśnie taki kształt, żeby w krótkiej, zamkniętej formie zawierały i treść, i emocje
("Film", 8/2002)
Daniel Szczechura to jedna z najgłośniejszych postaci w polskim filmie animowanym. Reżyser, z którego nazwiskiem wiążą się największe sukcesy polskiej animacji, szczególnie lat 60. To także twórca poszukujący, który potrafił zrezygnować z formuły, która dawała mu sukcesy, na rzecz niewiadomego. Takim momentem zwrotnym w jego twórczości była realizacja "Podróży" (1970), swoistego antyfilmu, w którym nic się nie dzieje. Ważny jest sam rytm pojawiających się słupów, monotonia towarzyszących podróży dźwięków, wydarzeniem staje się opadający liść na parkowej alei. Marcin Giżycki uważa, że był to także moment zwrotny w polskim kinie animowanym, równy temu, jaki przyniósł niegdyś debiut Jana Lenicy i Waleriana Borowczyka, a "Podróż" wyprzedziła "kilka innych wybitnych dzieł, opisujących fenomeny tak proste, jak ów spadający liść w parkowej alei" ("Kwartalnik Filmowy", 19-20/1997).