Urodzony najprawdopodobniej, według kalendarza juliańskiego – 27 marca, według kalendarza gregoriańskiego – 8 kwietnia 1870 w Strzelcach koło Kielc, zmarł 5 listopada 1946 w Nowym Jorku. Istnieją jeszcze inne wersje odnośnie dnia jego urodzenia: 2 i 14 maja, zaś roku: 1863, 1869, 1871 i 1876.
Jego pierwszym nauczycielem gry na fortepianie była matka, Maria z domu Bogdeńska. Uczęsczał do Gimnazjum Św. Anny w Krakowie. Tam także uczył się prywatnie gry na fortepianie i kompozycji pod kierunkiem Władysława Żeleńskiego. W 1886, jako szesnastolatek, brał udział w koncertach Towarzystwa Muzycznego w Krakowie, zaś w 1887 wystąpił z własnym koncertem w roli pianisty i kompozytora. Po ukończeniu w 1887 gimnazjum wyjechał do Francji, gdzie podjął studia w Konserwatorium Paryskim w klasie fortepianu Louisa Diémera, harmonii u Theodore Dubois oraz kompozycji pod kierunkiem Léo Delibesa; po jego śmierci w 1891 korzystał z konsultacji Julesa Masseneta i Camille'a Saint-Saënsa.
W 1891 był uczniem Ignacego Jana Paderewskiego (z którym pozostał w przyjaźni prawie pół wieku; łączyła ich również działalność na rzecz Polski – Paderewski zaproponował nawet Stojowskiemu udział w tworzonym przez siebie pierwszym polskim rządzie; ten jednak odmówił, postanawiając służyć sprawie Polski zza oceanu). Był też słuchaczem wykładów na paryskiej Sorbonie (historia, filozofia, języki i literatura). W czasie studiów zaprzyjaźnił się z Piotrem Czajkowskim oraz Johannesem Brahmsem. Po ukończeniu Konserwatorium z odznaczeniem przez pewien czas mieszkał jeszcze we Francji. Kilkakrotnie koncertował w Paryżu, Londynie, Brukseli, Berlinie oraz Polsce (Kraków, Wrocław, Warszawa, Lublin). W 1898 otrzymał I nagrodę w kategorii utworów orkiestrowych za Symfonię d-moll op. 21 (1898) na Konkursie Kompozytorskim im. Ignacego Jana Paderewskiego w Lipsku.
W październiku 1905 wyjechał do Stanów Zjednoczonych i pozostał tam aż do śmierci (w 1938 przyjął obywatelstwo amerykańskie). Do 1911 był profesorem w Institute of Musical Art w Nowym Jorku (poprzednika słynnej Juilliard School of Music) – piastował tu stanowisko kierownika katedry fortepianu. Zyskał wówczas opinię świetnego pedagoga. Później, do 1918, uczył w Von Ende School od Music (obecnie University of the State of New York), a także udzielał lekcji prywatnych – ok. 1918 założył własną szkołę.
Do jego uczniów należeli m.in. Aleksander Brachocki, Antonia Brico, Phyllida Ashley, Oscar Levant, Mischa Levitzki, Arthur Loesser, Alfred Newman, Guiomar Novaes, Harriet Ware. Organizował także festiwale i kursy mistrzowskie, koncertował w wielu miastach Stanów Zjednoczonych, Kanady, w krajach Ameryki Południowej, grywając z różnymi orkiestrami oprócz własnych dzieł, koncerty Ludwiga van Beethovena, Fryderyka Chopina, Ferenca Liszta, Camille'a Saint-Saënsa.
Jego kompozycje wykonywali m.in. Ignacy Jan Paderewski, Aleksander Michałowski, Józef Hofman, Mieczysław Horszowski, Antonina Adamska, Rudolf Ganz, Carl Friedberg, Aleksander Brachocki, Artur Loesser, Percy Grainger, Olga Samaroff, Mischa Levitzki, Michael von Zadora, Władysław Górski, Paweł Kochański, Henryk Opieński, August Wilhemj, Jacques Thibaud, Jascha Heifetz, George Enescu, Pablo Casals, Grzegorz Piatigorski, Józef Adamski, Marcelina Sembrich-Kochańska, Karol Fürstenberg.
Utwory Stojowskiego wydawały takie firmy, jak C.F. Peters w Lipsku, J.H. Heugel w Paryżu, G. Augener w Londynie, G. Schirmer w Nowym Jorku. Założył Polish Institute of Arts and Letters, prototyp dzisiejszego Polish Institute of Arts & Sciences. Przez 20 lat działał w Fundacji Kościuszkowskiej. Pisał rozprawy i artykuły poświęcone problemom pedagogiki fortepianowej (przez 35 lat współpracował z czasopismem muzycznym "The Etude").
Rząd Polski przyznał Zygmuntowi Stojowskiemu Order Polonia Restituta, Stany Zjednoczone wyróżniły go kilkoma odznaczreniami (otryzymał m.in. Medal Zasłużonych).
Ważniejsze kompozycje:
- Deux pensées musicales op. 1 na fortepian
- Deux caprices-étude op. 2 na fortepian
- Koncert fortepianowy fis-moll op. 3 (ok. 1890)
- Trois intermèdes op. 4 na fortepian
- Quatre morceaux op. 5 na fortepian
- Variations et Fugue op. 6 na kwartet smyczkowy
- Le Printemps (Wiosna) op. 7, kantata na chór mieszany i orkiestrę, słowa z Ody Horacego
- Trzy utwory op. 8 na fortepian
- Suita Es-dur op. 9 na orkiestrę
- Deux orientales op. 10 na fortepian
- Five Songs op. 11 na głos z fortepianem, słowa Adam Asnyk
- Danses humoresques op. 12 na fortepian
- Sonata na skrzypce i fortepian G-dur op. 13
- Dwa utwory fortepianowe op. 15 na fortepian
- Deux caprices op. 16 na fortepian
- Dumka op. 17 na fortepian
- Sonata na wiolonczelę i fortepian A-dur op. 18
- Five Miniatures op. 19 na fortepian
- Romance op. 20 na skrzypce i orkiestrę
- Symfonia d-moll op. 21 (1898)
- Koncert na skrzypce i orkiestrę G-dur op. 22
- Rapsodie symphonique op. 23 na fortepian i orkiestrę (przed 1900)
- Polish Idylls op. 24 na fortepian
- Romantic Pieces op. 25 na fortepian
- Four Pieces op. 26 na fortepian
- Fantaisie op. 27 na puzon i fortepian
- Deux mazurkas op. 28 na fortepian
- Auf Sturm und Stille op. 29, 6 utworów na fortepian
- Trois esquisses op. 30 na fortepian
- Concertstück op. 31 na wiolonczelę i orkiestrę
- Koncert fortepianowy nr 2 As-dur op. 32 (1909-10)
- Six Songs op. 33 na głos z fortepianem, słowa Kazimierz Przerwa-Tetmajer
- Trois etudes de concert op. 35 na fortepian
- Poèmes d'été op. 36 na fortepian
- Sonata na skrzypce i fortepian E-dur op. 37
- Fantaisie op. 38 na fortepian
- Aspirations op. 39 na fortepian
- Intermède lyrique op. 40 na fortepian (1916)
- Prayer for Poland (Modlitwa za Polskę) op. 40, kantata na sopran, baryton, chór mieszany, orkiestrę i organy, słowa Zygmunt Krasiński
- Scherzo-caprice op. 41 na fortepian (1933)
- Variations and Fugue upon an Original Thema na fortepian op. 42
- Romance op. 43 na fortepian
Autor: Małgorzata Kosińska, Polskie Centrum Informacji Muzycznej, Związek Kompozytorów Polskich, październik 2006.