Urodziła się 28 kwietnia 1958 roku w Warszawie. Po otrzymaniu dyplomu w warszawskiej Akademii Muzycznej (w klasie Marii Słubickiej i Stanisława Kawalli) oraz stażu w Konserwatorium Moskiewskim u Oleha Krysy, wielokrotnie uczestniczyła w międzynarodowych kursach interpretacji muzyki dawnej. W latach 1993-97 studiowała grę na skrzypcach barokowych pod kierunkiem Simona Standage'a w Dresdner Akademie für Alte Musik. Do instrumentów, na których gra Sapiecha, należą – obok skrzypiec historycznych – także altówka oraz smyczkowe instrumenty średniowieczne i renesansowe oraz tradycyjne, pochodzące z różnych kultur muzycznych świata.
Jest założycielką i kierownikiem artystycznym zespołu Il Tempo, dla potrzeb którego rekonstruuje głosy i opracowuje wykonywane utwory. Opracowała też pieśni sefardyjskie do spektaklu "W drodze" w reż. Hanny Chojnackiej. Na zamówienie Polskiego Radia nagrała na kopiach instrumentów średniowiecznych improwizacje inspirowane grą polskich skrzypków ludowych.
Współpracuje z wieloma polskimi i zagranicznymi zespołami oraz solistami, szczególnie z Simonem Standagem – tak w repertuarze zespołu Il Tempo, jak i w cyklu koncertów duetów skrzypcowych "Barokowy dialog". Występuje jako solistka, wykonując między innymi sonaty i partity na skrzypce solo Johanna Sebastiana Bacha oraz muzykę średniowiecza i renesansu na rebeku, fideli i mazankach. Bierze udział w znaczących festiwalach w Polsce i na świecie. Nagrywa dla radia i telewizji oraz firm fonograficznych (ma na koncie kilkanaście albumów płytowych). W latach 1992-2002 prowadziła autorskie audycje na antenie Programu 2 Polskiego Radia.
W latach 1996-2016 roku kierowała Międzywydziałowym Studium Muzyki Dawnej (obecnie Zakład Muzyki Dawnej) Uniwersytetu Muzycznego Fryderyka Chopina w Warszawie, prowadząc jednocześnie klasę skrzypiec barokowych i orkiestrę barokową. We wrześniu 2013 uzyskała tytuł doktora habilitowanego sztuki w dziedzinie sztuk muzycznych (instrumentalistyka). Jest autorką rozdziału "Muzyka Dawna" w "Raporcie o muzyce" wydanym przez Instytut Muzyki i Tańca (2011) oraz książki "Mowa dźwięków w muzyce XVII wieku" wydanej przez UMFC (2011).
Agata Sapiecha jest założycielką, dyrektorką i wykładowcą Międzynarodowych Letnich Akademii Muzyki Dawnej w Wilanowie. W 1999 założyła Fundację Concert Spirituel, której zadaniem jest wspomaganie i promowanie inicjatyw muzycznych z zakresu interpretacji muzyki dawnej zgodnie z założeniami epoki. Sprawuje w niej funkcję przewodniczącej Rady Programowej.
Skrzypaczka jest ponadto zapraszana do jury konkursów muzyki dawnej oraz kameralnej w Polsce i na świecie (m.in. Festiwal Flandryjski w Brugii, Schola Cantorum w Kaliszu, Githaralia w Przemyślu). Do 2000 pełniła funkcję wiceprezesa Warszawskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Muzyki Dawnej. Jest także członkiem Zarządu Central European Festival's Early Music Association.
Trzykrotnie nominowana do nagrody "Paszporty Polityki". W roku 2006 otrzymała honorową odznakę "Zasłużony dla Kultury Polskiej" przyznawaną przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego, a w czerwcu 2013 roku – tytuł i odznakę "Zasłużony dla Miasta Kalisza" przyznawaną przez Radę Miejską Kalisza. W lipcu 2014 roku została uhonorowana Nagrodą Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego za osiągnięcia artystyczno-dydaktyczne.
Autor: Małgorzata Kosińska, Polskie Centrum Informacji Muzycznej, Związek Kompozytorów Polskich, grudzień 2002, aktualizacja: październik 2016.