W 1955 roku ukończył prawo na Uniwersytecie Jagiellońskim. Drogę dziennikarską rozpoczął rok później w czasopiśmie "Po prostu". Zajął się problematyką ekonomiczną, historią gospodarki i inżynierii oraz zarządzaniem. O tych zagadnieniach rozprawiał jako humanista, omawiając ich aspekty kulturowe.
Był współorganizatorem nielegalnego klubu dyskusyjnego "Klan Płonącego Pomidora" w 1954, a także współorganizatorem i jednym z przywódców Studenckiego Komitetu Rewolucyjnego Krakowa 1956. Zorganizował pierwszy zjazd Rewolucyjnego Związku Młodzieży. Po rozpędzeniu "Po prostu" w 1957 roku pisał dla "Sztandaru Młodych", "Świata", "Dookoła Świata", potem dla Agencji Robotniczej i "Kulis". W 1970 powołał "Życie i Nowoczesność", dodatek tygodniowy "Życia Warszawy". Z uwagi na propagowanie poglądów niezgodnych z ówczesnym ustrojem redakcja została rozwiązana w 1973 roku.
W latach 1980-1982 i 1989-1990 Bratkowski był prezesem Stowarzyszenia Dziennikarzy Polskich; po zakończeniu pełnienia tej funkcji otrzymał tytuł prezesa honorowego. Po wprowadzeniu stanu wojennego wydawał dostępną tylko na kasetach magnetofonowych "Gazetę Dźwiękową". W 1989 roku uczestniczył w obradach Okrągłego Stołu w podzespole ds. stowarzyszeń i samorządu terytorialnego. Od 1991 do 1992 był prezesem Spółdzielni Wydawniczej "Czytelnik". Pisał m.in. dla "Gazety Wyborczej" i "Rzeczpospolitej".
Stefan Bratkowski jest autorem wielu książek. W dwu najważniejszych z lat 70. ("Skąd przychodzimy", 1975 oraz "Z czym do nieśmiertelności", 1977) proponował oryginalne spojrzenie na polską tradycję historyczną – w skomplikowanych dziejach Polaków szukał tego, co pragmatyczne i sprzyjające rozwojowi myśli naukowej i technicznej.
Bratkowski był orędownikiem nowoczesności; mówi się też o nim, że był permanentnym pozytywistą (pragmatystą). Jego poglądy krążyły nieprzerwanie wokół tych samych idei i wartości – to pochwała dobrej roboty, samorządności i wolności gospodarczej w duchu solidaryzmu społecznego.
W "Wiośnie Europy" (1997) Bratkowski wyłożył idee średniowiecznego uniwersalizmu europejskiego, pokazując związki tamtej, odległej problematyki z dzisiejszymi dyskusjami o integracji europejskiej. Fascynowała go także postać Sylwestra II, papieża, który nakreślił śmiałą wizję wspólnej chrześcijańskiej Europy, a zarazem był najwybitniejszym uczonym swojej epoki. W "Najkrótszej historii Polski" (1998) w przystępnej i elokwentnej formie – zbliżonej do gawędy historycznej – przedstawił najważniejsze wydarzenia i procesy polityczne w dziejach narodu polskiego. W wydanej w 2012 roku pracy "W drodze do Montaigne'a" Bratkowski dokonał erudycyjnej analizy życiorysu i twórczości francuskiego humanisty, Michela de Montaigne'a, a rok później w eseju "Kto na to przyzwolił?" zajął się lekcjami, które płyną z krwawej spuścizny faszyzmów XX w.
Stefan Bratkowski był laureatem nagrody im. Adolfa Bocheńskiego (1980), Nagrody Kisiela (1990) i Superwiktora (2015). W 1998 r. otrzymał nagrodę PEN Clubu im. K. Pruszyńskiego. Był także członkiem honorowym Związku Polskich Artystów Plastyków.
Prowadził audycję "Salon – Z boku" w radiu TOK FM, pisał także dla "Studia Opinii".
Wybrana bibliografia:
- "Świat, w którym żyjemy", Warszawa: Horyzonty, 1970,
- "Skąd przychodzimy", Warszawa: Iskry, 1975 (wydanie rozszerzone – Warszawa: BGW, 1993),
- "Z czym do nieśmiertelności", Katowice: Śląsk, 1977,
- "Oddalający się kontynent", Warszawa: PIW, 1978,
- "Nie tak stromo pod tę górę. Krótki poradnik dla tych, którzy nie wiedzą, że nic się nie da zrobić", Warszawa: Książka i Wiedza, 1980
- "Oddalający się kontynent", Warszawa: PIW, 1980 (wydanie poprawione i rozszerzone; wydanie pierwsze - PIW 1978)
- "Nowy Marsyliusz czyli społeczeństwo inteligentne", Warszawa: PIW, 1981
- "Jak robić interesy - razem", Warszawa: Iskry, 1997
- "Wiosna Europy. Mnisi, królowie i wizjonerzy", Warszawa: Iskry, 1997
- "Najkrótsza historia Polski", Warszawa: KAW, 1998
- "Pan Nowogród Wielki", Warszawa: KAW, 1999
- "Najkrótsza historia Wielkopolski", Poznań: W Drodze, 1999
- "Podróż do nowej przeszłości", Warszawa: Veda, 2000
- "Nieco inna historia cywilizacji. Dzieje banków, bankierów i obrotu pieniężnego", Warszawa: Wydawnictwo Nowoczesność, 2003
- "Sztafeta 'Z' ", Radom: Instytut Technologii Eksploatacji, 2004
- "Pod tym samym niebem. Krótka historia Żydów w Polsce i stosunków polsko-żydowskich", Warszawa: Wydawnictwo Trio, 2006
- "Kilka sposobów na niemożliwość, czyli krótki poradnik dla tych, którzy nie wiedzą, że nic nie da się zrobić", Warszawa: Prószyński i S-ka, 2006
- "Kim chcą być Niemcy", Warszawa: Prószyński i S-ka, 2006
- "Kim chcą być Polacy", Warszawa: Prószyński i S-ka, 2007
- "Teksty wywrotowe 1992-2008", Warszawa: Wydawnictwo Pert, 2008,
- "Atlantyda tak niedaleko", Wydawnictwo Pert, 2009,
- "W drodze do Montaigne", Warszawa: Spółdzielnia Wydawnicza "Czytelnik", 2012,
- "Kto na to przyzwolił?: szkic o odpowiedzialności za przyszłą historię", Warszawa: Wydawnictwo Studio Emka, 2013.
Źródło: www.polska2000.pl, Stowarzyszenie Willa Decjusza, 2001. Aktualizacja: AP, czerwiec 2019, źródła: tokfm.pl, encyklopedia-solidarnosci.pl, studioopinii.pl