Wystrój malarski synagogi w Gwoźdźcu uważany był za jeden z najpiękniejszych - w ośmiokątnej centralnej sali przeznaczonej dla mężczyzn malowidła pokrywały całą powierzchnię ścian aż po sklepienie. Można było na niej zobaczyć motywy religijne, wyobrażenia zwierząt, roślin, znaków zodiaku, Jerozolimy, Lewiatana i inne symbole mesjańskie. Autorami polichromii byli żydowscy malarze znani z nazwisk, m.in. Mordechaja Lissitzki z Jaryczowa. Później - w 1729 r. malowidła zostały odrestaurowane przez Itzchaka ben Yehudę z Jaryczowa.
Polichromie w drewnianych bóżnicach w Polsce są zjawiskiem wyjątkowym, w zasadzie odosobnionym. Religia żydowska zabraniała odtwarzania wizerunków wszystkiego co jest na ziemi, co jest w niebie, w wodzie i pod wodą. Dlatego, jeśli w synagogach pojawiały się polichromie, to były to wzory geometryczne i inskrypcje.
"Żydzi polscy ze wschodnich terenów dawnej Rzeczypospolitej stworzyli sztukę niepowtarzalną. Znaleźli formułę pokazywania pewnych praw religijnych w postaci symboli zwierzęcych i roślinnych" - tłumaczy Maria Piechotka, współautorka (wraz z mężem Kazimierzem) licznych prac naukowych poświęconych drewnianym synagogom.
Zaznaczyła, że jedyne poza Polską polichromie tego typu można znaleźć w południowych Niemczech w tzw. bóżnicach polskich z XVIII wieku.