Krótkie notki i ręcznie rysowane mapki pomagające w ukończeniu poszczególnych gier, publikowane na rozkładówce, czasami autorskie lub nadesłane przez czytelników, ale nierzadko przedrukowywane z magazynów brytyjskich, zastępują w "Top Secret" pełnoprawne recenzje, a jednocześnie styl pisania autorów magazynu, sam fakt posługiwania się przez nich pseudonimami, autoreferencyjność i budowanie na jej bazie relacji z czytelnikami wyznaczy standardy dla kolejnych magazynów growych. "Top Secretu" jednak również nie ominęły zawirowania — w 1992 nagle odeszli z zespołu ówczesny naczelny i sekretarz redakcji, Marcin Przasnyski i Waldemar Nowak, kierownictwo pisma przejął Marcin Borkowski i zanim zdążył odbudować zespół, wydał numer napisany w połowie własnoręcznie, tyle ze pod szeregiem pseudonimów maskujących braki kadrowe.
W samym "Bajtku" po 1990 roku kierownictwo zmienia się kilkukrotnie. Po odejściu Siwińskiego grono redakcyjne zarządza pismem przez moment kolektywnie, w końcu naczelnym został oficjalnie po kilku miesiącach prezes spółdzielni, Jarosław Młodzki — z wykształcenia fizyk, dorabiąjący jako programista. Pozostanie w tej roli do 1994 roku, kiedy to zastąpi go Wojciech Jabłoński, inżynier elektronik, w "Bajtku" parający się różnymi zajęciami, m.in. rysowaniem komiksów dla "Top Secret" i składem pisma. Po roku funkcję przejmuje Tomasz Grochowski, a po kolejnych kilku miesiącach na fotelu naczelnego następuje ostatnie przetasowanie i kierownictwo nad "Bajkiem" obejmuje Jacek Trojański.
Już te zmiany personalne pokazują, jak dynamiczna jest historia pisma w jego końcowej fazie. "Bajtek" nadal publikuje kursy programowania w odcinkach, a do tego coraz liczniejsze testy sprzętów: kart dźwiękowych i graficznych, drukarek, płyt głównych, mimo istnienia "Top Secret" wciąż rozrasta się dział "Co jest grane", sporo miejsca zajmują teksty poświęcone programom edukacyjnym, nie brak też artykułów o sprzętach dość egzotycznych jak na rodzime reala, jak Apple Newton. Pojawiają się wywiady z pionierami polskiej muzyki elektronicznej — serię otwiera rozmowa z Czesławem Niemenem.
A przy tym pismo wciąż pozostaje bliskie tylko z wierzchu kolorowej kapitalistycznej codzienności. Z omówieniem Windowsa 95 sąsiadują tradycyjne działy skierowane do wciąż licznych użytkowników archaicznych już ośmiobitowców. Tak jak w późnym PRL-u wskazywał na niedopatrzenia w rozwoju edukacji informatycznej i przemysłu, tak teraz "Bajtek" piętnuje nieuczciwych handlarzy, składających pecety z tanich, nieraz uszkodzonych części z Tajwanu i sprzedających je za nieproporcjonalnie wysokie pieniądze. Opis kolejki przed jednym z warszawskich sklepów, w promocyjnych cenach sprzedającego kolorowe monitory, których jednak nie można w żaden sposób przetestować, wymienić lub zwrócić i które często już w momencie sprzedaży zwyczajnie nie działają, staje się niemal miniaturowym reportażem interwencyjnym.
Pod koniec "Bajtek" wraca do nakładu zbliżonego do pierwotnego — 55 tys. egzemplarzy. A w połowie lat 90. nawarstwiają się kryzysy. Rośnie konkurencja, przyciągająca reklamodawców, i ceny papieru, nowa siedziba redakcji na Ursynowie zostaje okradziona ze sprzętu, wreszcie bankrutuje Agrobank, w którym spółdzielnia wydająca "Bajtka" ulokowała oszczędności. "Po przejściowych kłopotach natury organizacyjnej niniejszy numer «Bajtka» ukazał się jako łączony — wrześniowo-październikowy. Także w latach poprzednich, niestety, zdarzała nam się taka sytuacja. Mam nadzieję, że takie łączenie nie okaże się stałą tendencją i następne numery będą się ukazywać sukcesywnie i o czasie", pisał we wstępniaku do numeru 9-10/1996 Jacek Trojański. Niestety, życzenie się nie spełniło – na tym numerze historia pierwszego w Polsce pisma komputerowego się zakończyła. Druga połowa lat 90. zamyka epokę pionierskich magazynów nie tylko w Polsce. Starszy kuzyn przeżył socjalistyczno-transformacyjnego "Bajtka" o włos — ostatni numer "Byte’a", którego przychody reklamowe coraz bardziej topniały w latach 90., ukazał się w 1998 roku.
"Odebraliśmy już kilka telefonów z pytaniami, czy można nadać dziecku imię Bajtek? Redakcja nie ma nic przeciwko temu!", pisali redaktorzy magazynu jeszcze w roku 1986. Nie wiadomo, czy faktycznie gdzieś w Polsce schyłkowego PRL-u ktoś postanowił swoją latorośl nazwać Bajtkiem, jednak imię to zyskał… robot z filmu "Pan Kleks w kosmosie". Wybrali je w plebiscycie sami młodzi widzowie, zaś reżyser Krzysztof Gradowski mówił: "«Bajtek» zachwycił mnie sposobem podania tego, co było dla mnie «abrakadabrą»". Pokolenie czterdziestolatków w nostalgii odkurzających stare Amigi i grających w retro produkcje dostało po latach na pocieszenie dwa wydawnictwa. W 2016 ukazał się jednorazowy nowy numer okolicznościowy przy okazji imprezy Pixel Heaven, w którym wspominkom towarzyszył m.in. kolejny wywiad z Aleksandrem Kwaśniewskim, a w roku 2020 firma Retronics wypuściła limitowaną edycję czterech pierwszych numerów Bajtka, zremasterowanych i identycznych w treści, ale tym razem wydrukowanych na kredowym papierze, o jakim Waldemar Siwiński w roku 1985 mógł tylko marzyć.